疑难问题：限制性核酸内切酶的内容在教材过于简单，教材中只介绍了一种限制酶，在教学中学生会提出许多关于限制性核酸内切酶的疑难问题，以前解释过一些（见链接），现在再补充相关的问题。

限制性核酸内切酶是一种基因工程的工具酶，这类酶的最大功能特点有特异性，特异性体现序列和位点的切割。

一、为什么叫限制性核酸内切酶？

20世纪30年代，微生物学家发现，微生物的噬菌体不能交叉感染，如E coli K株的噬菌体只能感染E coli K株，不能感染其他株，反之亦然。这种现象称为“限制现象”。

1962年，W．Arber提出一个假设来解释上述现象。他认为这是细菌中有2种以上功能不同的酶，一种是核酸内切酶，能识别并切断外来DNA分子的某些部位，使外来DNA失去活性，限制外来噬菌体的繁殖，把这类酶称为限制性核酸内切酶。

二、限制性核酸内切酶在微生物中的作用

限制性核酸内切酶是由细菌产生的，其生理意义是提高自身的防御能力，限制酶一般不切割自身的DNA分子，只切割外源DNA。

三、限制性核酸内切酶能不能切割RNA

目前为止，还没有资料说明有切割RNA的限制性核酸内切酶。在进化的角度去看，理由可能是只能切割稳定的DNA，RNA本身一般是单链结构不稳定，不需要进行切割防御。

事实证明，熟悉的限制性核酸内切酶的识别序列都有碱基T。

四、不同的限制性内切酶（同尾酶）切割连接后，还能不能这两种酶的某一种切开？

不一定，除非是产生平末端的限制性内切酶，因为粘性末端配对后，序列可能发生了改变，这两种酶就无法切开（见链接）。

五、限制性核酸内切酶命名和书写

在做试题的过程中发现，限制性核酸内切酶的名称比较特殊，以下节选王永杰科学网博客，从中发现，在命制试题时书写也要规范。

第１个字母大写斜体，第２、３个字母小写斜体，第４个字母正体，后接正体的罗马数字。 例如Taq、Hae、BamＨ等。

限制酶都来自各种细菌，细菌的命名依据《国际细菌命名法规》的规定，因此，限制酶的命名是依据细菌的命名方法进行的。

（1）以寄主微生物属名的第１ 个字母（大写）和种名的前２ 个字母（小写），组成３ 个字母的缩略语表示寄主菌的物种名称，这是酶的基本名称。 例如：大肠杆菌（Escherichia coli）用Eco表示，流感嗜血杆菌（Haemophilus influenzae）用 Hin 表示。生物学中属以下（含属）的拉丁学名应该用斜体字母表示，因此，这３ 个字母都应该用斜体。

（2）若酶是从其中一种特殊菌株而来，还在基本名称后加上菌株名称符号。 例如BamH，其中Ｈ为菌株编号，所以应该用正体。 如果限制与修饰体系在遗传上是由病毒或质粒引起的，则在缩写的寄主菌的种名后附加一个字母，表示此染色体外成分，例如EcoR ，其中Ｒ用正体。

（3）若一种特殊的寄主菌株，具有几个不同的限制与修饰体系时，则以罗马数字加以区分，表示在该特殊菌株中发现此酶的先后次序。 例如：Hae 是从埃及嗜血杆菌（Haemophilus aegyptius）中提取的，并且是从中发现的第２ 个酶；流感嗜血菌 Rd 菌株的几个限制酶修饰体系分别表示为Hinｄ 、Hinｄ 、Hinｄ 。 其中罗马数字应该用正体。  

链接：限制性核酸内切酶识别序列的结构情况

链接：关于限制性核酸内切酶的若干问题

链接：一道关于基因工程的高考试题评析