康熙至乾隆初年，清政府对新疆的的统治并不稳定，前有准噶尔汗国与噶尔丹的叛乱，后有大小和卓的分裂活动，直至乾隆23年（1759年）才告平定，始称“西域新疆”（之前称“西域”），又称“新疆”，有“故土新归”之意。清统一新疆后，通过测绘形成《西域图志》、《大清一统舆图》，设立伊犁将军，下辖三处参赞大臣：塔尔巴哈台（今哈萨克斯坦乌尔扎尔）、伊犁、喀什噶尔（今新疆喀什）。可见，当时新疆的中心在伊犁，而不像今天伊犁已经成为边境城市。

清统一新疆后，分别建立了军政合一的军府制度、州县行政管理制度、让维吾尔贵族成为地方基层官僚的伯克制度、管理蒙古部落札萨克制。蒙古土尔扈特部落在新疆是由于他们主动脱离俄罗斯统治，回归中国而被安置在此，内蒙古电影制片厂的蒙族导演拍摄的电影《东归英雄传》就是写的他们的事迹，由于这些蒙古族在此，起到当时新疆稳定的作用。由此，新疆得以繁荣与稳定。

这种局面维持了六十年，到晚清时期，社会矛盾得以激化。1864年，在新疆发生大规模的反清农民起义，社会破坏性极大，清朝的行政管理体制被冲垮，同时也被贵族和宗教势力所利用，出现了一大批封建割据势力。这一农民起义，被中亚南部崛起的浩罕汗国与沙皇俄国所利用，发生其直接侵犯或侵略新疆、蚕食中国领土的事件，也间接形成了阿古柏在新疆的分裂叛乱，或助长了伊斯兰在新疆武力传教的宗教战争。

在左宗棠率领下，清军收复除伊犁外的大部分领土（伊犁的部分领土由中俄谈判后收回），晚清政府设立善后局，垦荒、兴农、丈地、定税、统一币制、重建司法行政和社会公共事务机构，为新疆建省奠定基础。

1759年，清廷在镇迪道建立州县，行政建制为甘肃省。早在1820年，龚自珍首先提出恢复历史上的新疆建省，防备西北边患，实现全国大一统。1877年与1882年，左宗棠两次提出新疆建省，使西域与内地行政体制统一，使地方经济恢复有望。1884年，晚清政府在新疆正式建省，刘锦棠为新疆首任巡抚，魏光焘为新疆布政使，省会在迪化（今乌鲁木齐）。

晚清政府在新疆建省，是对中国边疆治理制度的重大改革，意义十分深远。它使新疆和内地分治的局面得到改变，树立了中央政府的权威；新疆建省后，增加了新疆的防卫实力，并与西北各省臂指相联，有利于抵御外侮；以州县制淘汰了旧有的地方管理制度伯克制、府军制，稳定了新疆，体现了历史的进步；并为中国边疆治理改革树立了典范，其后，台湾、辽宁、吉林、黑龙江等地相继建立行省。现代中国行省制度的基础是晚清时期打下的。

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