三九医药在深圳证券交易所上市，代码为000999。三九医药及其背后的三九集团曾经有过令人眩目的辉煌，无论是军企时期还是后来的央企时期都是如此。文职军人出身的赵新先在1985年创办深圳南方制药厂，先后变更为深圳三九实业总公司和三九集团，赵新先及其团队有三项至关重要的发明——“三九胃泰”、“壮骨关节丸”和“正天丸”，而高峰时期的三九集团有着逾200亿元总资产、400余家子公司和三家上市公司，涉足药业、农业、房地产、食品、汽车、旅游等八大产业，是国内最大的中药制造商，连续多年的中国500强企业。。
    三九医药盛极而衰之时起于2001年8月，当时，三九集团占用上市公司三九医药资金高达25亿元而遭中国证监会通报批评并立案稽查，一年后的2002年7月，三九医药被中国证监会行政处罚，2003年，三九集团陷入债务危机，多达21家债权银行开始追讨债务并起诉，“三九系”整体银行债务被曝高达98亿元，这可谓是最早的上市公司“清欠”活动。2004

年5月，赵新先离任三九医药和三九集团。2005年11月，常驻中国证监会的公安部证券犯罪侦查局进驻三九集团展开调查， 11月20日，赵新先在北京被捕，其前，赵新先的主要助手荣龙章、张欣戎、陈达成也相继被捕。
    中国证监会的行政处罚认定中认定，三九医药未就与三九药业之间的巨额资金往来情况、大量互开汇票的关联交易事项、委托进行投资并取得收益的关联交易事项进行信息披露，

三九医药也未就存款人民币11.43亿元到其关联公司深圳金融租赁有限公司进行详细披露，故构成虚假陈述行为，由此、对三九医药及赵新先等高官人员做出行政处罚。

目前，三九医药尚未进行股改，三九集团在2006年底前清偿对上市公司所欠款项也并非易事，故对三九医药来说，目前的主题词是：审计、重组、清欠，然后才是股改。