大雄宝殿是寺院的主殿，该殿最初建于清顺治年间，清光绪年间重修，“大雄宝殿”匾额由清代大书法家冯家浩的亲笔所书。大殿正中供奉着释迦牟尼坐像，偏袒左肩，结跏趺坐，庄严静穆。佛像背后是用樟木雕刻而成的"五龙捧圣"的图案，两侧为其弟子阿难和迦叶。

佛像前的樟木供桌长3.96米，高1.6米，前幕帘的镂空浮雕《诏僧取经归来图》是件不可多得雕刻珍品。大殿两旁的墙壁上，是十八罗汉的石刻像; 大殿后面是紧闭着大门的"般若堂"，据说是认知事物和智慧的地方。

从大雄宝殿返回放生池，韦驮殿对面是起始于北院至南院罗汉堂前的碑刻长廊，展出归元禅寺佛教经文、归元禅寺书画碑刻作品有几十通。

中院展出的都是历代名人的碑刻作品，现在都用玻璃保护起来了。幸亏2013年老酷拍了一些碑刻照片，方便细细鉴赏。

中院长廊南端有华藏玄门，“华藏玄门” 是佛教常用词语,出自《华严经》 “四生九有,同登华藏玄门......”出了华藏玄门，就可以看到“翠微缘”景点了。

鼓楼紧邻“镇寺之宝”供养接待处，侧面也书有晚清文人张日煜的手迹“南无阿弥陀佛”。这里有“不二法门”，可以通往南院。