从“不二法门”进入南院，一堵“罗汉堂”照壁映入眼帘，照壁与碑刻长廊相对而立。 “罗汉堂”是南院的主要建筑，2020年一直在封闭修缮中。

南院的碑刻主要以昌明法师的书法作品为主，昌明法师曾任归元寺住持， 是湖北省佛教协会会长、中国佛教协会咨议委员会副主席。以前碑刻长廊没有罩玻璃，拍过一些昌明法师的作品，在这里展示几幅。

从南侧门进入罗汉堂，照壁背面也是张日煜的手迹“南无阿弥陀佛”，殿堂两侧是四大天王塑像。

罗汉堂是寺院最具特色的建筑，始建于清道光三十年，整个建筑布局呈“田” 字形。五百罗汉像系黄陂王氏父子历时九年，采用“泥塑脱胎”法制成，为全国保存最好的五百罗汉群塑，具有极高的艺术价值。

到归元寺罗汉堂数罗汉，是武汉民间形成的一种习俗。五百罗汉造型各异，或盘腿端坐、或卧石看天，喜怒哀乐、形态各异、栩栩如生。人们可任选一尊罗汉为起点，依照自己的年龄顺序默数，数到与自己年龄数相符的罗汉，根据这罗汉的身份、表情和动作，用来昭示自己的命运。

出了南院就是新区了，归元禅寺分为外院和内院、老区和新区。外院有出入口、游客中心、翠微园及云集斋等；内院就是寺院的主体建筑。老区基本上是原古寺建筑，呈袈裟形状，由北院、中院及南院组成；新区则是近几十年来的扩建部分，有双面观音塑像广场、圆通阁、财宝天王殿等建筑。