穿过圆形门进入中院，首先看到的是巨大的放生池，池两侧分别是钟楼和鼓楼。放生池西边是韦驮殿，东面是文化廊。

寺院都建有放生池，善男信女们都认为“放一次生，积一次德”。放生池内水质清冽，绿波荡漾，不少鱼儿在池中嬉戏。水中的乌龟也经常会爬上池中的莲台晒着龟壳，这是寺院一景——乌龟晒背。信众们放生的乌龟品种五花八门，居然还有不少巴西龟。

中院放生池是游客们经常观鱼赏龟的地方，韦驮殿两边分别是钟楼和鼓楼。“晨钟暮鼓”是寺院的日常仪式：“晓击，即破长夜，警睡眠；暮击，则昏衢，疏冥昧”。

韦驮殿大门上挂着“归元古刹”的匾额，这是民国总统黎元洪为感念众僧相助革命军而亲笔题写的。据说武昌起义后，归元寺成为黄兴指挥战斗的总指挥部，寺内还储存有义军的粮草、军械。

可能是刚修缮不久，上次看到的寺院建筑色彩很鲜艳，七年后就显得古朴多了。韦驮殿廊柱上有几幅书体各异的楹联，“大别迎江侍，方城荷日朝”与其它几幅佛对有所不同，大別是龟山的古名，方城为武汉三镇的别称。

韦驮殿建于清康熙三年，韦驮像系整株柏木雕刻而成，继承了盛唐时代佛教的艺术风格。穿过韦驮殿，后门悬有“回头是岸”的牌匾。

韦驮殿后门面对着中院的主体建筑大雄宝殿，门前是香炉。右侧是万佛殿，殿内有释迦牟尼佛、药师佛、阿弥陀佛等佛像，信众可以以个人或全家名义在万佛殿内永久供奉佛像，信众也可以请一尊开了光的玉观音回家供奉。

韦驮殿左侧是客堂，客堂是寺院执行寺僧进出请假，客僧挂单投宿，接洽信众佛事登记的接待处。