自然崇拜是人类社会早期的宗教形态。山崇拜、水崇拜、石崇拜、火崇拜和树木崇拜是佤族主要的自然崇拜形式。

山崇拜：生活在“阿佤山区”的佤族崇拜山，而最崇拜的山是公明山和焦山。创世神话《兄妹神》说，人从司岗（沧源佤族意为葫芦，西盟佤族意为石洞）出来以后，不会种地，而野果、野兽又不够吃，只好吃土。人去找莫伟（佤族神格中各种大神的统称）要谷种，他说谷种在海水底下，要最勇敢最有智慧的人才能够取出来。鹿埃姆、鹿埃松兄妹俩自告奋勇沉入海底，战胜了守护谷种的龙王兵将，把谷种取了回来。兄妹俩死后分别变成了阿佤山的南北两座大山。哥哥仍叫鹿埃姆，即现在缅甸境内的公明山。妹妹仍叫鹿埃松，即沧源班洪的焦山。佤族人现在依然祭祀公明山和焦山，祭祀公明山用公牛、公猪或公鸡，祭献焦山用的是母牛、母猪或母鸡，祭祀的次数各寨不一。

水崇拜：佤族村寨大多建在山顶或山坡的平缓地带，水对阿佤人的重要性不言而喻。佤族一年里的宗教祭祀活动首先从祭水开始。在每年年底，各村寨都要对公用的水沟和水井进行修理维护，将脏物彻底清除，拆旧换新笕槽。在此之前，必须先由魔巴到水源头杀鸡做鬼，祭祀水神，祈求水神赐予村寨永不枯竭的清泉。佤族的水崇拜大多还和特定的河流、溪水有直接的联系。民间故事《澜沧江和滚弄江》说的是澜沧江和滚弄江原是对相亲相爱的夫妻，后因吵架而分手。由于在夜晚分开，澜沧江用松明照明，走得好快，因此水是浑的，两岸的松树长得多；滚弄江用竹子照明，走得很慢，因此水是清的，两岸的竹子长得多。《姑娘河》、《鸟泪泉》等传说则生动形象地解释了姑娘河与鸟泪泉的来历，是佤族崇拜水的表现形式之一。

石崇拜：佤族有着浓厚的石崇拜。石崇拜作为佤族古老的习俗之一，其表现形式多种多样，有“梅神”石房子崇拜、牛角桩石崇拜、远古石器遗物崇拜和“相” 石崇拜等等。佤族石崇拜是其对自然环境的看法在宗教意识里的反映。

火崇拜：火，对于人类而言意义非常巨大，在佤族心目中更是神圣。佤族民间习俗认为，进入新的一年，不能用旧火，否则，村寨容易发生火灾。每年农历十二月或次年一月必须举行迎新火活动。佤族民间习俗还认为，家中的火塘是火神居住的地方，因此，火塘的火不能熄灭，人不能从火塘上跨过，不能用脚乱踩火塘的三脚架和柴禾，否则会因亵渎火神而受到火神的惩罚。

树木崇拜：树木也是佤族崇拜的对象。创世神话《司岗里》记述，人从司岗出来时，不知道要住在什么地方，莫伟（佤族神格中各种大神的统称）对岩佤说：“凡有大椿树的地方就是你的在处。”所以，山林是阿佤人生存的最早依托。佤族把大榕树看作“神树”，村寨边的大榕树被认为能保佑平安，山川上的大榕树则能保佑丰产。大榕树在阿佤山无处不见，是佤族自然崇拜的主要植物。每个佤族村寨附近都有一片长着参天大树的茂密林子，佤族称其为“龙梅吉”，即“鬼林地”。佤族村寨的“鬼林地”保护得较好，有的成为风景林，有的仍作为禁忌场所。沧源勐角乡翁丁村的神林、糯良乡南撒寨的一片林地、单甲乡单甲大寨东北面的原始森林和班洪乡南板村的一片大榕树林都是不可乱闯之禁地。