内蒙古自治区现在还辖有盟、旗两种行政区域。盟，由于多个改为地级市，现在只有兴安、锡林郭勒、阿拉善三个，为地级行政区域。旗，则有许多，如东乌珠穆沁旗、科尔沁左翼中旗等等，为县级行政区域。

    一些人以为这些旗源于满清的八旗制度，其实不然。作为行政区域的盟和旗源于明末清初，清朝统一漠南蒙古（大体上为现在的内蒙古）时的会盟制度，即把各部落编为旗，若干个旗组成盟。各盟、旗有相应的行政区域。这种旗，称为“扎萨克旗”，即由旗长管辖的地方，数量远不止八个。而八旗则是軍民合一的一种组织制度，蒙古族编成的八旗称为“蒙八旗”，与行政区域无关。

    当然，内蒙古自治区现在也有少数以八旗命名的县级行政区域，如镶黄旗、正蓝旗等，则是源于清初从相应的八旗中抽调人员到那里放马而得名。

    内蒙古自治区还有非蒙古族的旗，如鄂伦春自治旗、鄂温克族自治旗、莫力达瓦达斡尔族自治旗等，都是1949年以后命名的。