雍正看了曾静等人的供词后，下了谕旨，提出吕留良有以下罪过：

    一、被革去秀才资格后追思明代，深怨大清。

    一、以“要死了”为借口躲避博学鸿词科，以出家躲避举荐为“山林隐逸”。

    一、自称“明代遗民”，在日记中不称“本朝”而称“清、北、燕、彼中等”。

    一、对三藩之乱很高兴，唯恐失败。而对平定三番反而惋惜。

    一、对于前明桂王被缅甸人捉拿后献给大清，说满汉官兵见到桂王都下跪了。

    一、说现在天下贫穷是三皇五帝以来所仅见的。

    一、在日记中用怪风、震雷、彗星、日食等天象蛊惑人心。

    一、污蔑康熙皇帝的圣德。

    一、吕的子孙保存吕的遗作，以逆乱为家传。

    等等。雍正要求六部、九卿、翰詹科道、各总督巡抚、各藩司臬司各抒己见，提出该给吕留良以及子孙、兄弟、侄子等什么罪名。