清代初期，部众编为左右两翼，后来归附者越来越多，又分为八个旗色。其中皇帝亲自统帅的是上三旗，包括镶黄、正黄（读音是整黄）、正白，其余由王爷们统帅的是下五旗，包括镶白、正红、镶红、正蓝、镶蓝。还有蒙古八旗和汉军八旗。

    每一旗设都统一人、副都统二人、参领五人、佐领统帅百人无定数。佐领之下还有骁骑尉一人协助。

    镶黄、正黄居住在北京内城北部，两白旗居住在北京内城东部，两红旗在西部，两蓝旗在南部，环绕拱卫紫禁城、皇城，以及各衙门和仓库。每个旗都有衙门，由都统和副都统轮流值宿，以备不时之需。遇到皇帝巡视，还要增加在街道中的守卫，俗称“街堆子”。

    各旗每三年核查一次户口，确认壮丁、逃亡者等，书写后藏在户部。如果冒领钱粮或者对逃亡者隐匿不报，要处罚有关官员。

    每三年选秀女一次，有隐匿不报的也要治罪。

    有了逃亡者，必须申报刑部追捕。

    皇上不定期地要检阅八旗部队，在演武场所聚集满汉火器营、鹿角兵、长枪手、炮兵、鸟枪兵、藤牌兵执纛兵、鸣金兵等演习阵法。每年春秋，八旗要在德胜门外仰山不穿甲胄来练习火器，在卢沟桥演习火炮。

    对八旗官兵每五年要考核一次，共四项：操守，分廉、平、贪三级；才能，分长、平、短三级；骑射，分优、平、劣三级；年龄，分壮、中、老三级，根据等级确定赏罚。