建文四年(1402)六月十三日，燕王朱棣破京都南京城，皇宫上空烟尘滚滚突起大火，“上(燕王)望见宫中烟起，急遣中使往救，至已不及。中使出其尸于火中，还白上。上哭曰：‘果然若是痴騃 [1]耶，吾来为扶翼尔为善，尔竟不亮 [2]而遽至此乎。’”燕王朱棣说的是：“不出所料，(朱允炆)如此想不开呀，我来是辅佐你处理好朝政，你不理解竟然至于这样吗？” 但是从余烬中并没有确认建文皇帝的遗骸。建文帝下落不明，当时驸马都尉梅殷 [i]拥兵淮上，从黄彦清 [ii]之议，为之发丧。未几黄彦清“坐在梅殷军中私谥建文帝，诛死”。

被朱棣赶下台的建文皇帝朱允炆并没有死，而是辗转来到西宁落发为僧。西宁守将征西将军耿炳文 [iii]将他藏匿在瞿昙寺，并派官兵扮成百姓於近处守护。明太祖排列功臣，将耿炳文与大将军徐达列为一等。耿炳文还与皇帝沾亲，建文皇帝的姐姐江都郡主 [iv]嫁给了耿炳文之子耿璿 [v]。永乐二年，耿炳文被人弹劾「服饰逾制」而自杀。一等朝臣长兴侯服饰逾制？那就是使用了皇家的物品啊，是不是谁的什么东西在长兴侯那里走光了呢？耿炳文三个儿子均受牵连，坐罪死。

朱棣已经得知侄子朱允炆的下落，因其尘缘已弃，故罢诛锄之心。朱棣及其后几代皇帝均拨发款项扩建瞿昙，宣德二年隆国殿修建完成，整座寺院已具规模，渐成西北部寺庙之首。

瞿昙寺二代主持班丹藏卜首次来朝，被永乐皇帝封为「凈觉弘济国师」，并赐诰印。班丹藏卜是否肩负秘密使命无人知晓，出家的建文帝恰为而立之年，皇帝叔叔朱棣四十有八。在国师的光环之下，北疆女真野人客人难以争得风头，被撂在一旁也是情理之中的。