分子对接图形化软件MGLTools-1.5.6在Windows7上生成Grid文件

作者：shims

使用AutoDock软件的时候需要使用到受体和配体分子的pqbqt文件，该文件是pdb文件的扩展版，中间增加了AutoDock需要使用的一些信息，如电荷信息。而要完成分子对接还需要另外两个文件，一个是Grid格点计算文件，用于生产配体分子的格点文件，另外一个是分子对接计算使用文件。这里介绍如何生成Grid计算文件。

在使用之前将前面生成的蛋白质和配体分子的pdbqt文件放到该文件夹，这里设置的默认目录为E:\L\MR。在使用之前最好将现有的所有加载进去的分子结构都删除，重新添加。通过Grid-Macromolecule-Open打开蛋白质文件，注意这里使用的是蛋白质的pdbqt文件。

成功加载之后可以可以在分子显示窗口看到蛋白质分子结构，在添加的时候会提示警告信息。关于电荷在生产pdbqt文件的时候已经添加了Gasteriger电荷，所以不需要替换电荷。

如果有残基的电荷信息和MGLTools里面的电荷力场有不太一致的地方，如这里提示的有7个氨基酸残基的电荷信息。如果确认你的蛋白质结构是正确，并且氢原子的添加时合理的话这里的提示就可以忽略，如果你的氢原子是通过MGLTools添加的话请检查核对。个人推荐使用Amber中的tleap模块添加氢原子。

如果蛋白质结构中包含有没有键连关系的原子的时候会提示，这种情况一般是包含有金属原子。

在成功的加载了蛋白质结构之后也需要加载配体分子的结构，通过Grid-Set Map Types-Open Ligand打开配体分子结构文件，这里加载的是处理过后的配体分子结构文件。如果你之前加载过该文件可以直接通过Choose Ligand选择即可。

在成功的加载了蛋白质受体和小分子配体文件之后通过Grid—Grid Box打开盒子设置窗口。

在设置的时候个人推荐优先设置盒子的中心，盒子的中心可以通过菜单栏Center快速设置，如Center on ligand将盒子中心设置为配体分子的中心，Center on macromolecule将盒子中心设置为受体蛋白质分子的中心，Pick an atom是通过鼠标选择一个原子作为盒子的中心。当然也可以直接在Center Grid Box中输入X,Y,Z坐标设置盒子中心。

在设置了盒子中心之后可以设置X,Y,Z三个方向的格点数，在设置盒子大小的时候会在显示窗口中及时更新显示，这个时候的盒子才是我们需要的，如果先设置盒子大小后设置盒子中心就不能保证盒子就是我们需要的。在设置的时候一定要让整个盒子包括整个的活性中心，如果是盲性对接的话需要将整个的蛋白分子包括进去。需要注意盒子的大小最大能设置为126×126×126，如果盒子最大都不能包括蛋白质分子的话可以通过设置格点空间大小来完成，默认值是0.375，可以调大该值。其实在进行盲对接的时候该值可以调大以加快对接速度。

在设置完成之后不要点击右上角的×来关闭，那样不会保存设置数据，这里需要通过菜单栏File-close saving current保存并退出。

完成所有的设置之后需要保存成GPF文件，Grid—Output—Save GPF在打开的文件保存窗口输入文件名保存即可，文件后缀为.gpf。

保存Grid文件之后就可以方便后续的使用，默认是将文件保存到默认目录。在生产的GPF文件中没有将用到的受体分子的全路径设置进去，所以保存的时候一定要将所有用到的文件保存在同一个目录下。