分子对接图形化软件MGLTools-1.5.6在Windows7上生成Docking文件

作者：shims

使用AutoDock软件的时候需要使用到受体和配体分子的pqbqt文件，该文件是pdb文件的扩展版，中间增加了AutoDock需要使用的一些信息，如电荷信息。而要完成分子对接还需要另外两个文件，一个是Grid格点计算文件，用于生产配体分子的格点文件，另外一个是分子对接计算使用文件。这里介绍如何生成Docking计算文件。

在使用之前将前面生成的蛋白质和配体分子的pdbqt文件放到该文件夹，这里设置的默认目录为E:\L\MR。在使用之前最好将现有的所有加载进去的分子结构都删除，重新添加。通过Docking-Macromolecule-Set Rigid Filename打开蛋白质文件，注意这里使用的是蛋白质的pdbqt文件。

成功加载之后可以可以在分子显示窗口看到蛋白质分子结构，在添加的时候会提示警告信息。关于电荷在生产pdbqt文件的时候已经添加了Gasteriger电荷，所以不需要替换电荷。

如果有残基的电荷信息和MGLTools里面的电荷力场有不太一致的地方，如这里提示的有7个氨基酸残基的电荷信息。如果确认你的蛋白质结构是正确，并且氢原子的添加时合理的话这里的提示就可以忽略，如果你的氢原子是通过MGLTools添加的话请检查核对。个人推荐使用Amber中的tleap模块添加氢原子。

如果蛋白质结构中包含有没有键连关系的原子的时候会提示，这种情况一般是包含有金属原子。

在成功的加载了蛋白质结构之后也需要加载配体分子的结构，通过Docking-Ligand-Open打开配体分子结构文件，这里加载的是处理过后的配体分子结构文件。如果你之前加载过该文件可以直接通过Choose选择即可。

在加载了配体分子结构的时候会提示配体分子相关的信息，如这里的配体分子文件名，配体分子类型，配体分子中心，配体分子的可旋转键，配体分子的自由度等，其中有些信息是可以根据需要设定的，如配体分子的初始位置。

在成功的加载了蛋白质受体和小分子配体文件之后通过Docking—Search Parameters来选择进行分子对接使用的搜索方法，并根据选择的不同方法打开不同的设置窗口。这里提供了遗传算法，模拟退货或者自己定义三种选项，通常使用的是遗传算法。

选择了方法之后会打开对应的设置窗口，如选择了遗传算法打开的窗口如下。Number of GA Runs设置该次计算最后需要得到得构象个数；Maximum Number of evals设置最大能量评估值，如果是做第一步的盲对接的话可以设置的小一点，其它时候使用默认值即可。其它的参数保持默认值即可。

接下来设置分子对接参数，通过Docking-Docking Parameters打开对接参数设置。

默认情况会自动完成对接参数相关的参数并全部设置为默认参数，如果需要可以更改，如自由数的产生，能量参数，步长，输出格式。

完成所有的设置之后需要保存成Docking文件，Docking—Output—Lamarchkian GA（4.2）在打开的文件保存窗口输入文件名保存即可，文件后缀为.dpf。

保存Docking文件之后就可以方便后续的使用，默认是将文件保存到默认目录。在生成的Docking文件中没有将用到的受体分子和配体分子已经Grid生成的map文件的全路径设置进去，所以保存的时候一定要将所有用到的文件保存在同一个目录下。