分子对接图形化软件MGLTools-1.5.6在Windows7上生成配体分子的pdbqt文件

作者：shims

使用AutoDock软件的时候需要使用到受体和配体分子的pqbqt文件，该文件是pdb文件的扩展版，中间增加了AutoDock需要使用的一些信息，如电荷信息。通过File—Read Molecule打开文件打开窗口，这里会自动跳转到前面设置的默认文件夹。

在使用之前将要使用的蛋白质文件放到该文件夹，这里设置的默认目录为E:\L\MR。在文件打开窗口选择tnt.mol2文件，配体分子文件常见的就是从ZINC数据库下载的mol2格式的文件。

成功加载之后可以可以在分子显示窗口看到配体分子结构，可以通过AutoDockTools软件处理配体分子文件，如增加氢原子，不过不推荐这样使用。个人的意见是通过Gaussian View处理好配体文件之后再在这里使用。

如果之前没有处理过配体分子文件的话，这里可以通过Edit—Hydrogens –Add来将确实的氢原子增加上去，有时候下载的配体分子结构中会缺失氢原子。

在增加氢原子的时候可以选择增加所有的氢原子还是只增加极性氢原子，一般推荐增加极性氢即可。

氢原子添加之后会在显示区域及时的更新分子结构。

通过Edit—Charges—Compute Gasteiger来添加电荷信息，这里推荐使用Gasteiger电荷。

会提示总的电荷

通过Ligand—Input—Choose选择配体分子文件

选择分子，这里只加载了一个分子。如果加载有多个分子的话选择合适的分子即可。推荐每次处理之后都删除所有的分子，在需要使用时再次打开即可。如果电荷不合适的话会提醒。提醒包括添加了Gasteiger电荷，三个可旋转键，设置参数TORSDOF为3。

通过Ligand-Torsion Tree-Detect Root自动识别该配体分子的中心节点，也就是树形的根节点。该节点是接下来配体文件中重要的一个参数，并且是其它参数参考位置。

随后依次选择Show Root Expansion查看根节点的分枝。通过Show/Hide Root Marker显示会隐藏根节点显示。通过Choose Torsions选择可旋转键，其中绿色的键表示在对接过程中是可旋转的键，其它颜色的就是不能旋转的键。这里总计有32个键其中只有三个硝基与苯环相连的键是可旋转的。如果是多肽类的话可以方便的通过设置窗口中的选项快速设置可旋转键。

Ligand-Torsion Tree-Set Number of Torsions打开旋转键数目设置窗口，不过这里不建议更改，这里显示的数字是根据前面设置的那些键可旋转生成的，如果要更改可旋转键数目可以返回前一步设置。需要注意的是这个数字不能太大，我遇到的情况是不能超过32，超过32就无法对接。

设置好配体分子对接使用的相关参数之后通过Ligand-Output-Save as PDBQT将配体分子参数保存到文件中。

保存pdbqt文件，默认是将原始文件的后缀改成pdbqt即可。如此就成功的保存了配体分子的pdbqt文件。