LigPlot 在Windows7系统上的安装

作者：shims

LigPlot 是原始的LIGPLOT程序的继承者，用于自动生成2D配体 - 蛋白质相互作用图。它通过直观的java界面运行，允许通过鼠标点击和拖动操作对图形进行屏幕编辑。除了新界面外，该程序还包括对旧版本的几项主要改进：相关图叠加。当两个或多个配体 - 蛋白复合物足够相似时，LigPlot 可以自动显示它们的叠加或并排的相互作用图。任何保守的交互都被突出显示。改进了DIMPLOT程序。LigPlot 套件现在还包括原始DIMPLOT程序的更新，用于绘制蛋白质-蛋白质或域-域交互。用户可以灵活地选择感兴趣的界面，然后DIMPLOT将生成一个图，显示了界面中残基-残基的相互作用。为了帮助解释，可以按顺序可选地显示其中一个界面中的残基。请注意，DIMPLOT模块尚未允许相关接口的多个绘图。链接到PyMOL和RasMol。任何LIGPLOT图的3D表示可以在PyMOL或RasMol中查看，并显示所有交互。

LigPlot 软件是一款针对学术用户免费使用的软件，通过百度搜索下载资源，一般情况下第一条LigPlot 软件的条目“LigPlot home page”就是官方网站，也可以直接输入官方的网址查看：http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/software/LigPlus/。进入网站之后选择左边的学术用户许可文件，开始申请免费的学术许可证。根据需要填写表格，各项认真据实填写即可。需要注意的是这里注册使用的邮箱一定要是学校的邮箱，不能是163和QQ等邮箱，如何判断是否为学术用户就是通过用户填写的邮箱管理机构来的，如一般学校的邮箱结束就是@**.edu.cn。

填写相应的信息之后提交，提交之后会提示将信息发送到的邮箱地址。一般情况下一两天时间就可以收到邮件，邮件内容包括了下载需要的邮箱帐号和密码，以及下载的地址。在下载页面输入邮件里面的邮件地址和密码，点击下载开始下载。

下载的文件名为：LigPlus.zip，需要注意LigPlus 软件是基于JAVA运行环境的，所以在使用该软件之前需要安装JAVA软件运行环境。关于JAVA软件的安装详见另外一篇博文。

我这里使用的是360压缩软件，默认解压目录是当前目录，如这里的F:\Soft\LigPlot \Soft\LigPlus，需要将该文件夹更改为自己的文件夹，目前不建议安装在C:\Program Files (x86)或者C:\Program Files，如果安装在这两个目录会导致使用过程中的一些配置文件错误，或者需要管理员权限。将默认的解压目录更改为C:\LigPlus。

到这里就安装完成了，因为该软件只需要解压即可。为了使用方便可以将该软件创建桌面快捷方式。选中“LigPlus.jar”右键—“发送到”—“桌面快捷方式”将该软件创建一个桌面的快捷方式。通过这样的方式创建的快捷方式，图标不是很好，需要更改图片。

选中桌面该快捷方式，右键“属性”打开属性窗口。在属性窗口的“快捷方式”页面的“更改图标”来更换显示的图标。在图表更改窗口选择浏览选择本地的图片，不使用这里默认提供的图片。找到C:\LigPlus\lib\images目录下的ligplis.ico文件。继续点击“确定”—“确定”保存该图标。至此就成功的更改成功了图标。默认情况下图标是使用ico，icl格式的图标，这里使用的是ligplus.ico文件，可以网络下载该格式的文件或者使用图片转化成ico格式的文件。

到这里就成功的将LigPlot 软件安装成功了，不过如果需要使用该软件需要设置一些路径信息，后续讲到。