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OpenBabel批量转换分子结构文件

(2017-07-15 20:30:00)
标签:

openbabel

分子结构

转换

批量转换

分类: 结构分析

OpenBabelGUI2.4.1批量转换分子结构文件

 

作者:shims

 

使用Open Babel过程中有时候需要转换多个文件到一个文件,那样直接将输出文件名写出来就会自动将输入文件转成一个输入文件。那么如果需要批量转换多个文件到多个文件,并一一对应又该如何去转换呢?

在一一对应的多个文件批量转换的情况可以通过使用通配符来实现。一般使用的通配符有*和?,其中*匹配任何字符,而?匹配一个字符。如*.pdb作为输入文件名的话就会匹配输入路径下的所有以.pdb结尾的文件,即匹配所有的pdb文件。如?.pdb的话则只匹配那些以单字符为文件名的pdb文件,例如a.pdb,1.pdb.c.pdb等。

OpenBabel批量转换分子结构文件

输入文件可以实现匹配,同样的输出文件依旧可以实现匹配。不过在使用输出文件匹配的时候大多时候只使用*匹配,这样转换的时候就会自动匹配输入文件的文件名,仅仅是更改文件转换后的后缀。如输入文件1.pdb,2.pdb,3.pdb,a.pdb,b.pdb,c.pdb,如果输出文件使用*.mol2,则完成转换之后会匹配生成文件1.mol2,2.mol2,3.mol2,a.mol2,b.mol2,c.mol2文件。

注意,在选择输入文件或输出文件的时候不要通过输入框或输出框右边的“”打开文件夹选择,不过需要打开该文件夹确认输入文件和输出文件的位置。直接在输出文件和输出文件框中输入*.pdb*.mol2即可。点击转换完成pdb分子结构文件到mol2分子结构文件的转换。

 

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