LigPlot v.1.4第一次使用路径配置

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ligplotwindows7配体-蛋白质相互作用配置 |
分类: 结构分析 |
LigPlot v.1.4第一次使用路径配置
作者:shims
第一次使用LigPlot v.1.4软件的时候会要求配置相应的路径和目录,如果第一次使用了默认的配置后续也可以在打开LigPlot软件之后通过“Edit—Program paths”方式来打开相应路径配置窗口。
第一部分是PDB文件路径,该部分的路径是在寻在pdb文件的时候去查询的目录,可以是本地路径,如这里第一行C:/data/pdbsum/pdb/pdb[abcd].ent.gz,表示优先去改目录下寻找pdb文件,该文件名应该是pdb[abcd].ent.gz其中的[abcd]是pdb数据库中pdb编号的四位数,关于pdb文件可以是压缩文件也可以是未压缩的文件。除了本地的文件目录之外,还可以从远程的服务器上查找文件,如这里的第二,三,四行ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/rcsb/pdb-remediated/data/structures/divided/pdb/[bc]/pdb[abcd].ent.gz;ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/data/structures/divided/pdb/[bc]/pdb[abcd].ent.gz;ftp://ftp.pdbj.org/pub/pdb/data/structures/divided/pdb/[bc]/pdb[abcd].ent.gz这也是常用的pdb数据库,需要注意的是,我个人习惯下载的文件是pdb结尾的,这里需要使用的是以ent为后缀。比如这里如果输入的是4HQW,则优先去C:/data/pdbsum/pdb/目录查找pdb4hqw.ent,如果在该文件夹查找不到则一次去下面的路径查找该文件。
第二部分是Het组词典目录,该词典主要是为LigPlot 软件在处理配体分子的时候提供配体分子信息。主要包括原子名,连接信息,键连关系等。默认情况下该目录是C:/data/pdbsum/pdbsum/data/,在该目录下的文件components.cif是词典文件。如果该文件损坏或者不存在请从网络下载该文件并添加到该目录即可,下载地址为ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/data/monomers/components.cif,最好是经常下载新版的该词典文件。在添加该文件的时候一定要包括整个的目录并包含文件名,请记住一定要包括文件名。
第三部分是临时文件夹目录,该文件夹是用来存放LigPlot 软件在使用过程中用到的临时文件。在LigPlot 软件退出的时候会自动删除该文件夹下的内容。需要注意的是该文件夹必须拥有相应的读写权限,使用windows系统的用户不太需要注意该问题,不过使用Linux的用户需要注意该问题。
第四部分是RasMol软件的路径,方便互相调用。
第五部分是Pymol软件的路径。如果在电脑上已经安装了pymol软件,在这里可以设置pymol的安装路径,保持调用的时候告诉LigPlot 软件pymol软件的位置。设置了该选项的时候可以在使用的过程中调用pymol软件来查看3D结构。如果没有安装pymol软件这里就输入默认的NONE。
通过以上方式设置了相应的参数之后,点击保存来将设置生效,如果还需要更改就通过Edit—Program paths来打开配置窗口。