《二代测序技术在消化系统肿瘤临床应用的中国专家共识》（2024）要点

 

【摘要】  消化系统肿瘤是发病率和致死率均较高的一类实体肿瘤。随着精准医疗在消化系统肿瘤领域的不断深入，以及相关分子标志物研究的不断积累，临床对于消化系统肿瘤的基因检测和应用提出了更高的要求。二代测序（NGS）技术大大提高了检测通量，降低了单个样本单个位点的测序成本，在消化系统肿瘤中的应用越来越广泛。然而，NGS检测提供了大量的肿瘤基因组信息，如何在异常复杂的消化系统肿瘤中正确应用是巨大的挑战。为提高消化系统肿瘤中NGS技术临床应用的规范性，中国抗癌协会肿瘤精准治疗专业委员会结合国内外研究成果，形成了《二代测序技术在消化系统肿瘤临床应用的中国专家共识》。本共识旨在为NGS技术指导临床消化系统肿瘤精准诊疗提供理论基础与规范，并对消化系统肿瘤的临床诊疗提供有效帮助。

 

消化系统肿瘤主要包含食管癌、胃癌、结直肠癌、肝癌、胆道肿瘤、胰腺癌、胃肠道间质瘤等，其中结直肠癌、胃癌和肝癌位列中国五大高发瘤种，多个瘤种在中国的发病率几乎超过了全球总发病率的一半。近年来，得益于精准医疗的发展，消化系统肿瘤的诊疗手段得到了极大丰富，患者的预后大幅改善。精准医疗是以个体化医疗为基础，随着基因组测序技术的快速发展应运而生。二代测序（NGS）技术的发展进一步促进了肿瘤驱动基因变异研究和相关药物的研发，将越来越多的靶向药物和免疫药物引入了肿瘤治疗的临床实践，进而改变了大部分肿瘤的诊疗格局，其中就包括消化系统肿瘤。以结直肠癌为例，美国国家综合癌症网络（NCCN）和中国临床肿瘤学会（CSCO）等国内外指南均推荐了APC、MMR基因等胚系基因的检测用于结直肠癌患者的遗传筛查，推荐KRAS、NRAS、BRAF基因和微卫星高度不稳定性（MSI-H）等标志物用于指导晚期结直肠癌患者的靶向治疗和免疫治疗。然而，当前临床应用较为广泛的传统基因检测方法因覆盖的基因数量和位点有限，存在漏检的可能性；此外多种标志物分别检测也会面临样本不足的困境，难以充分满足目前的临床需求。因此，NGS技术在实体肿瘤中的临床应用越来越广泛，也推出了诸多的专家共识，如《临床分子病理实验室二代基因测序检测专家共识》、《二代测序技术在肿瘤精准医学诊断中的应用专家共识》、《二代测序技术在NSCLC中的临床应用中国专家共识（2020版）》等。消化系统肿瘤具有其自身特殊性及复杂性，如胃癌的高度异质性，可能会涉及多个基因、多个信号通路的变异，这对于NGS检测产品的基因选择和检测结果的解读均提出了更大的挑战。

1  消化系统肿瘤精准治疗相关标志物

1.1  消化系统肿瘤精准治疗国内外已获批标志物

1.1.1  MSI-H

MSI是指某个微卫星位点发生重复单元的插入或缺失的现象，常常由于错配修复基因功能失常所造成。

虽然免疫治疗在MSI-H实体瘤患者中的疗效获益已被证实，但是仍有一半左右的患者对免疫治疗无应答。

越来越多的研究证明经验证的NGS panel可以准确检测MSI状态。

共识一：  MSI是包括消化系统肿瘤在内的泛瘤种常规检测标志物，NGS技术可以同时检测MMR基因变异、MSI状态和相关耐药机制，因而是优势更明显的检测方法（推荐等级：级推荐）。

1.1.2   TMB

TMB是衡量肿瘤基因组可编码区域的体细胞编码突变总数的指标。TMB是免疫治疗响应的潜在生物标志物。

全外显子组测序（WES）是TMB检测的金标准，经过技术和临床验证的panel也可以对TMB进行准确的评估。

共识二：  TMB是包括消化系统肿瘤在内的泛瘤种常规检测标志物，需采用NGS检测（推荐等级：级推荐）。

1.1.3  神经营养受体酪氨酸激酶（NTRK）融合

NTRK融合在实体瘤中发生率较低，为0.18%～0.30%。

有研究提示，NTRK阳性患者使用NTRK抑制剂后可能产生继发性耐药位点。

共识三：  NTRK融合需作为消化系统肿瘤常规检测标志物（推荐等级：级推荐）。NTRK融合发生率低，且NTRK抑制剂存在NTRK自身变异及旁路激活等耐药机制，基于DNA和RNA的NGS检测是临床常规筛查NTRK融合最可行的方法（推荐等级：级推荐）。

1.1.4  人表皮生长因子受体2（HER-2）

国内外指南推荐经病理诊断证实为胃腺癌的患者需要进行HER-2检测。

共识四：  胃癌患者需检测HER-2扩增或表达（推荐等级：级推荐），HER-2扩增或表达是结直肠癌、胆道肿瘤、胰腺癌潜在的治疗靶点（推荐等级：级推荐）。HER-2扩增或激活突变与结直肠癌抗EGFR治疗耐药相关（推荐等级：III级推荐）。推荐消化系统肿瘤常规检测HER-2，NGS可以作为HER-2扩增的临床常规检测手段（推荐等级：级推荐）。在组织样本不可及的情况下，NGS也可以作为外周血ctDNA中HER-2扩增的检测手段（推荐等级：级推荐）。

1.1.5   RAS

共识五：  结直肠癌患者应常规检测KRAS、NRAS基因变异（推荐等级：级推荐）。RAS变异属于KIT和PDGFRA野生型胃肠道间质瘤的潜在耐药生物标志物。KRAS G12C突变是结直肠癌、胰腺癌临床治疗的生物标志物。推荐消化系统肿瘤常规检测RAS突变，NGS可以作为RAS突变的临床常规检测手段（推荐等级：级推荐）。

1.1.6   BRAF

共识六：  结直肠癌患者应常规检测BRAF基因变异（推荐等级：级推荐）。BRAF变异属于KIT和PDGFRA野生型胃肠道间质瘤的潜在耐药生物标志物。BRAF突变是胆道肿瘤、胰腺癌临床治疗潜在的生物标志物。推荐消化系统肿瘤常规检测BRAF突变，NGS可以作为BRAF突变的临床常规检测手段（推荐等级：级推荐）。

1.1.7  成纤维生长因子受体2（FGFR-2）

共识七：  FGER2融合是胆道肿瘤临床治疗的生物标志物（推荐等级：级推荐）。FGER2扩增是胃癌潜在治疗靶点。推荐消化系统肿瘤常规检测FGER2变异，NGS可以作为FGER2变异的临床常规检测手段（推荐等级：级推荐）。

1.1.8  异柠檬酸脱氢酶1（IDH1）

共识八：  IDH1突变是胆道肿瘤临床治疗的生物标志物，NGS可以作为IDH1变异的临床常规检测手段（推荐等级：级推荐）。

1.1.9   KIT/PDGFRA

共识九：  KIT突变、PDGFRA突变是胃肠道间质瘤的常规检测标志物，NF1、SDHx、BRAF、RAS、PIK3CA、FGFR1等变异属于KIT和PDGFRA野生型胃肠道间质瘤的潜在耐药生物标志物，一代测序检测KIT和PDGFRA突变的敏感度不足，推荐NGS作为胃肠道间质瘤临床常规检测手段（推荐等级：级推荐）。

1.2  消化系统肿瘤精准治疗潜在标志物

1.2.1  MET

共识十：  MET扩增是胃癌潜在治疗靶点（推荐等级：级推荐）。MET扩增是胃癌预后不良的生物标志物（推荐等级：级推荐）。

1.2.2   EGFR

共识十一：  EGFR扩增或胞外结构域突变与结直肠癌抗EGFR治疗耐药相关（推荐等级：级推荐）。EGFR扩增是胃癌、食管鳞癌潜在治疗靶点（推荐等级：级推荐）。

1.2.3   ALK/NRG1/ROS1等基因融合

共识十二：  NRG1融合、ALK融合、ROS1融合、RET融合是胰腺癌临床治疗的潜在生物标志物（推荐等级：级推荐）。基于DNA和RNA的NGS同步检测可提高融合变异的检测效率和准确性（推荐等级：级推荐）。

1.2.4   EB病毒（EBV）

共识十三：  EBV阳性是胃癌免疫治疗潜在的疗效预测标志物（推荐等级：级推荐）。

1.2.5  免疫负向基因

共识十四：  消化系统肿瘤需要关注免疫治疗负向标志物（推荐等级：级推荐）。

1.2.6  人类白细胞抗原（HLA）分型

除以上标志物外，NGS在消化系统肿瘤个体化药物治疗中的应用也取得了长足的进步。

1.3  消化系统肿瘤精准治疗相关信号通路

1.3.1   DDR信号通路（BRCA、HRR、POLE/POLD1）

共识十五：  BRCA1/2突变是胰腺癌临床治疗的生物标志物，是胆道肿瘤临床治疗潜在的生物标志物（推荐等级：级推荐）。结直肠癌患者应常规检测POLE、POLD1等基因变异（推荐等级：级推荐）。

1.3.2   PI3K-mTOR信号通路

共识十六：  PI3K-mTOR信号通路与结直肠癌抗EGFR治疗耐药相关（推荐等级：级推荐）。PIK3CA变异是胃癌潜在治疗靶点（推荐等级：级推荐）。PI3K-mTOR信号通路基因变异与胃癌的酪氨酸激酶抑制剂耐药相关（推荐等级：级推荐）。

1.3.3   WNT信号通路

研究证明，WNT/CTNNB1突变的肝癌通常是“免疫排斥型”，肿瘤特征表现为免疫细胞浸润程度低的“冷肿瘤”。

1.3.4  其他信号通路

2  液体活检

在消化系统肿瘤精准治疗中的应用

2.1  液体活检伴随诊断

肿瘤组织样本的基因检测在临床实际应用中仍存在诸多限制，包括取样操作的有创性、组织样本有限或耗竭、组织样本质量不符合基因检测的要求、肿瘤内部异质性、无法针对所有病灶取样、可能因肿瘤位置特殊而无法取样、无法动态监测肿瘤变化等。近年来，液体活检技术的发展为肿瘤患者提供了一种非侵入性取材的检测路径，其中血液ctDNA检测技术最为成熟，国外已有FoundationOne Liquid CDx、Guardant 360 CDx等产品被美国FDA批准用于肿瘤的伴随诊断。

共识十七：  在肿瘤组织不可及或检测失败的情况下，可以采用经过严格的技术和临床验证的液体活检NGS产品作为补充（推荐等级：级推荐）。

2.2  液体活检动态监测

2.2.1  早期肿瘤液体活检动态监测

共识十八：  早期结直肠癌可以通过术后液体活检NGS产品来帮助判断预后以及辅助治疗决策（推荐等级：级推荐）。

2.2.2  晚期肿瘤液体活检动态监测

共识十九：  晚期肿瘤患者接受系统性治疗期间，可通过液体活检NGS动态监测来判断临床治疗应答以及辅助临床治疗决策（推荐等级：级推荐）。晚期结直肠癌患者可依靠NGS液体活检进行全程管理（推荐等级：级推荐）。

3  消化系统肿瘤的遗传筛查

消化系统肿瘤中有一部分是遗传性消化系统肿瘤，是指肿瘤患者携带致病性胚系变异，而且能够遗传给后代。

共识二十：  推荐发病年龄较轻或有家族史的结直肠癌、胰腺癌、胃癌、胃肠道间质瘤患者进行胚系检测并接受遗传咨询（推荐等级：级推荐）NGS是进行遗传筛查、确定胚系变异的有效手段（推荐等级：级推荐）。

4  二代测序检测技术要求

从事NGS检测的实验室需要经过严格的质量体系认证，满足国家和当地的质量体系要求，包括中国合格评定国家认可委员会（CNAS）和美国实验室认可协会的ISO15189认可资质等。

实验室日常进行NGS检测应进行室内质量控制，从样本接收到出具检测报告的整个流程需要建立完善的质控体系并形成标准操作规程。

共识二十一：  NGS检测实验室应获得国内外权威认证，其开展的检测项目应进行性能验证及临床评价，并参加国内外权威机构发起的室间质评（推荐等级：级推荐）。

5  NGS检测报告

呈现检测报告是医生和患者接受NGS检测结果的唯一凭据，并为临床治疗决策提供信息，需要客观展示NGS检测结果及相关信息，具备严谨性和可读性。

对基因变异的解读和药物治疗推荐，应遵循一定的规范。

共识二十二：  NGS检测报告应呈现基于AMP、ASCO、CAP、ACMG等分级系统的变异等级、基于循证医学证据等级的药物推荐以及质控信息（推荐等级：级推荐）。

6  二代测序检测结果解读

NGS可以同时检测多个基因及其突变、扩增、融合等多种变异形式，并能检测MSI、TMB等生物标志物，适用于需检测多靶点的瘤种。NGS通常会检测到多个基因变异和多种标志物，所以如何解读NGS报告对准确制订治疗方案至关重要。

当医生拿到一份NGS检测报告时，首先，需要核对送检信息，包括患者信息、样本信息和检测内容。

对于该共识未提及的基因变异，以及临床意义未明的突变基因或者变异位点，需结合最新的临床证据进行临床解读，谨慎指导治疗决策。

7  二代测序检测目前存在的问题

7.1  融合变异的形式融合变异包括经典融合形式和非经典融合形式。

基于DNA的NGS检测融合有多种优势，包括可以检测新发融合、明确融合断点、同时检测多种融合形式、与融合伴随发生的其他耐药等多种变异形式等。

7.2  拷贝数变异的定义与阈值

7.3  多个驱动基因同时存在的决策考虑

7.4  组织血液检测结果不一致的可能原因与决策考虑

组织血液检测结果不一致的可能原因：肿瘤标本异质性、样本采集时间差异性、治疗间隔差异、不同技术平台操作流程的差异、胚系突变的污染、ctDNA释放至血液及清除情况有差异。利用肿瘤组织标本进行基因检测是“金标准”，但血液检测结果可以作为重要的互补，特别在肿瘤标本不可及的情况下。对于组织血液检测结果不一致的情况，需要根据具体情况进行分析。

7.5  低频变异的定义和用药指导

8  总结

鉴于消化系统肿瘤的临床复杂性和时空异质性，NGS在消化系统肿瘤的应用不应仅局限于已经非常明确的靶向或者免疫治疗的生物标志物检测，而应从诊断、预后、疗效预测、耐药机制探索等多方面为临床决策提供参考信息和决策支持。此外，临床需要高度重视NGS检测流程的质量控制和检测产品的技术与临床验证，并应扩展传统的肿瘤多学科讨论模式，强化肿瘤临床医生与分子生物学及生物信息学专家的合作，以便整合临床信息和NGS结果，实现对患者的精准诊疗和全程管理。  

〔本资料由朱明恕主任医师根据《二代测序技术在消化系统肿瘤临床应用的中国专家共识》（2024）编写〕

（本共识刊登于《肿瘤综合治疗电子杂志》2024年第1期。如欲全面详尽了解，请看全文）

2024.2.9