《基于RNA-based NGS检测非小细胞肺癌融合基因临床实践中国专家共识》（2023）要点

【摘要】  基于RNA水平的二代测序（RNA-based NGS）技术已被非小细胞肺癌（NSCLC）临床实践指南和专家共识推荐为融合基因的检测方法之一。NSCLC可用药靶点主要包括基因突变和融合，用于评估靶向治疗可行性的基因突变和融合基因检测均不可或缺。目前，基于DNA水平的NGS（DNA-based NGS）结合RNA-based NGS一次性同步检测基因突变和融合的技术已部分应用于临床实践。然而，RNA-based NGS检测融合基因的应用时机、应用场景和质控方面在我国仍缺乏规范和标准。本共识将进一步明确RNA-based NGS在融合基因检测中的应用时机、应用场景和质控，并给予指导性建议，推动RNA-based NGS在NSCLC临床诊疗中的应用，使患者能够最大程度地从融合基因检测中获益。

肺癌在我国发病率和死亡率均位居第一。近十年，靶向治疗极大改善了非小细胞肺癌（NSCLC）患者的预后。除了表皮生长因子受体（EGFR）、V-raf鼠肉瘤病毒癌基因同源体B（BRAF）等基因突变类型，在NSCLC中针对间变性淋巴瘤激酶（ALK）、c-ros肉瘤致癌因子-受体酪氨酸激酶（ROS1）、转染时重排（RET）等融合基因的靶向药物也陆续在国内外获批上市并应用于临床，为患者带来了更多的治疗机会，显著改善了携带融合基因变异患者的生存质量和预后。因此，融合基因检测越来越受到关注。脱氧核糖核酸（DNA）、核糖核酸（RNA）和蛋白表达检测是判断基因融合的主要检测方法。目前，融合基因的金标准检测方法为基于DNA水平的荧光原位杂交（FISH）检测，然而由于NSCLC有众多的驱动基因和多样的变异形式，因此具有高通量优势的第二代测序技术（NGS）也广泛应用于NSCLC融合基因检测。相比于基于DNA水平的二代测序（DNA-based NGS）检测，美国国立综合癌症网络（NCCN）公布的NSCLC临床实践指南（2023年第5版）已提出基于RNA水平的NGS（RNA-based NGS）检测可能会提高ROS1、R ET、神经营养因子受体络氨酸激酶（NTRK）基因融合和间质-上皮细胞转化因子（MET）基因14号外显子跳跃突变（MET 14跳突）的检出率。该指南同时指出，对于在广泛组合的检测中未发现驱动基因的患者（尤其是非吸烟者）考虑采用RNA-based NGS检测，以最大程度地发现融合基因突变。此外，多项前瞻性研究均应用了RNA-based NGS技术作为融合基因的检测方法。例如，PROFILE 1001 I期研究和VISION II期研究均应用了RNA-based NGS检测NSCLC中ROS1基因融合和MET 14跳突。关于ALK、RET、神经调节蛋白1（NRG1）和NTRK融合基因的多项回顾性研究也应用了RNA-based NGS检测。目前NSCLC可用药的变异形式主要包括基因突变和基因融合，RNA-based NGS检测基因融合应整合到DNA-based NGS检测基因突变中，以提高基因融合的检出率。目前，一次性取样并通过DNA-based NGS和RNA-based NGS同时检测的技术已研发成功并开始应用于临床实践。虽然在近几年内RNA-based NGS已被报道可用于NSCLC的融合基因检测，但我国RNA-based NGS检测融合基因的应用时机、应用场景和质控尚无行业技术标准、相关规范和共识。

1   NSCLC的主要融合基因类型

基因融合是通过染色体反转、串联复制、缺失或易位，合并不同的、独立的基因或基因片段的过程，即由于某种机制（如染色体结构重排引起基因组变异）造成两个或多个不同基因的部分序列或全部序列（编码区）首尾相连，置于同一套调控序列（包括启动子、增强子、核糖体结合序列、终止子等）控制之下，构成一个新的嵌合基因。

融合基因常见于血液肿瘤和实体瘤中，实体瘤的呼吸系统肿瘤和乳腺肿瘤中融合基因出现数量相对更多。在NSCLC中，常见的驱动融合基因包括ALK、ROS1、RET、NTRK和NRG1等。此外，有研究证实EGFR、BRAF、MET等常见的点突变驱动基因也会发生基因融合变异。值得注意的是，MET 14跳突从RNA水平上表现为13号外显子和15号外显子发生融合，导致MET蛋白泛素化降解受抑制。因此，在本共识中将MET 14跳突也纳入融合基因讨论范围。总体而言，10%-15%的NSCLC患者携带基因融合变异。

2  融合基因常用检测方法

目前临床常用融合基因检测方法包括免疫组织化学（IHC）、FISH、逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）和NGS，近年来，单细胞基因融合检测技术和nCounter技术也出现在融合基因检测相关研究中。

2.1   IHC、FISH和RT-PCR

2.2   NGS   

3  融合基因检测适用的样本类型

NSCLC肿瘤组织检测（包括细胞蜡块）和液体活检是融合基因检测的两种样本类型。肿瘤组织检测样本包括穿刺组织、手术组织、气管镜活检组织、超声支气管镜（EBUS）活检组织、支气管刷检组织、胸腔积液沉渣、腹腔积液沉渣、脑脊液沉渣和肺泡灌洗液沉渣等。

4  基于RNA-based NGS检测融合基因的专家共识

共识一：  相比DNA-based NGS，RNA-based NGS不受内含子影响，可提升融合基因的检出率。建议有条件的医疗机构对NSCLC样本进行一次性同步RNA-based NGS与DNA-based NGS的驱动基因变异（融合/突变）检测。【强烈推荐】

共识二：  目前RNA-based NGS可用于检测ALK、RET、ROS1、NTRK、NRG1和MET等驱动基因融合。【强烈推荐】

共识三：  由DNA-based NGS检测的融合基因可指导NSCLC融合变异相关的靶向治疗。【强烈推荐】

共识四：  RNA-based NGS可应用于所有NSCLC人群，同时建议更多关注与融合基因发生频率相关性较高的肺癌患者（如腺癌、女性、不吸烟、肿瘤进展快速等）。【强烈推荐】

共识五：  FFPE样本经质控评估合格后可用于RNA-based NGS检测融合基因。【强烈推荐】

共识六：  RNA-based NGS检测融合基因应充分评估肿瘤细胞含量、RNA的完整性、文库产量和纯度等质控信息，需在有资质的医疗机构出具RNA-based NGS检测报告。【强烈推荐】

本文结合专家观点及相关研究结果，主要对RNA-based NGS检测NSCLC融合基因的应用时机、应用场景、实践可及性和质控等进行了共识推荐。尽管如此，目前RNA-based NGS检测融合基因仍然存在未解决的问题。建议在有条件的情况下开展前瞻性的大样本临床研究。

〔本资料由朱明恕主任医师根据《基于RNA-based NGS检测非小细胞肺癌融合基因临床实践中国专家共识》（2023）编写〕

（本共识刊登于《中国肺癌杂志》2023年第11期。如欲全面详尽了解，请看全文）

2023.12.25