《基于RNA-based NGS检测非小细胞肺癌融合基因临床实践中国专家共识》（2023）要点

  【摘要】 基于RNA水平的二代测序（RNA-based NGS）技术已被非小细胞肺癌（NSCLC）临床实践指南和专家共识推荐为融合基因的检测方法之一。NSCLC可用药靶点主要包括基因突变和融合，用于评估靶向治疗可行性的基因突变和融合基因检测均不可或缺。目前，基于DNA水平的NGS（DNA-based NGS）结合RNA-based NGS一次性同步检测基因突变和融合的技术已部分应用于临床实践。然而，RNA-based NGS检测融合基因的应用时机、应用场景和质控方面在我国仍缺乏规范和标准。本共识将进一步明确RNA-based NGS在融合基因检测中的应用时机、应用场景和质控，并给予指导性建议，推动RNA-based NGS在NSCLC临床诊疗中的应用，使患者能够最大程度地从融合基因检测中获益。

肺癌在我国发病率和死亡率均位居第一。近十年，靶向治疗极大改善了非小细胞肺癌（NSCLC）患者的预后。除了表皮生长因子受体（EGFR）、V-raf鼠肉瘤病毒癌基因同源体B（BRAF）等基因突变类型，在NSCLC中针对间变性淋巴瘤激酶（ALK）、c-ros肉瘤致癌因子-受体酪氨酸激酶（ROS1）、转染时重排（RET）等融合基因的靶向药物也陆续在国内外获批上市并应用于临床，为患者带来了更多的治疗机会，显著改善了携带融合基因变异患者的生存质量和预后。因此，融合基因检测越来越受到关注。脱氧核糖核酸（DNA）、核糖核酸（RNA）和蛋白表达检测是判断基因融合的主要检测方法。

目前，融合基因的金标准检测方法为基于DNA水平的荧光原位杂交（FISH）检测，然而由于NSCLC有众多的驱动基因和多样的变异形式，因此具有高通量优势的第二代测序技术（NGS）也广泛应用于NSCLC融合基因检测。目前NSCLC可用药的变异形式主要包括基因突变和基因融合，RNA-based NGS检测基因融合应整合到DNA-based NGS检测基因突变中，以提高基因融合的检出率。目前，一次性取样并通过DNA-based NGS和RNA-based NGS同时检测的技术已研发成功并开始应用于临床实践。虽然在近几年内RNA-based NGS已被报道可用于NSCLC的融合基因检测，但我国RNA-based NGS检测融合基因的应用时机、应用场景和质控尚无行业技术标准、相关规范和共识。

1  NSCLC的主要融合基因类型

基因融合是通过染色体反转、串联复制、缺失（deletion）或易位，合并不同的、独立的基因或基因片段的过程，即由于某种机制（如染色体结构重排引起基因组变异）造成两个或多个不同基因的部分序列或全部序列（编码区）首尾相连，置于同一套调控序列（包括启动子、增强子、核糖体结合序列、终止子等）控制之下，构成一个新的嵌合基因。基因融合与各种疾病，尤其与癌症的发生发展密切相关。实体瘤的呼吸系统肿瘤和乳腺肿瘤中融合基因出现数量相对更多。在NSCLC中，常见的驱动融合基因包括ALK、ROS1、RET、NTRK和NRG1等。总体而言，10%-15%的NSCLC患者携带基因融合变异。

2  融合基因常用检测方法

目前临床常用融合基因检测方法包括免疫组织化学（IHC）、FISH、逆转录聚合酶链反应（RTPCR）和NGS，近年来，单细胞基因融合检测技术和nCounter技术也出现在融合基因检测相关研究中。

2.1  IHC、FISH和RT-PCR

IHC通过特异性单克隆抗体检测融合蛋白表达情况，具有耗时短、成本低、自动化等优点，可作为一些融合基因的伴随诊断（如：ALK融合，D5F3克隆，Ventana平台检测）或筛查手段（如：ROS1融合和NTRK融合）。但在缺乏特异性强的检测抗体时，IHC的假阳性率和假阴性率均较高（如RET融合）。

2.2   NGS

NSCLC融合基因数目较多，因此可以同时检测多个基因融合变异的NGS也是一种被普遍应用的检测手段。同时，当FISH和IHC判读融合基因结果不一致时，NGS是一种有效的替代方案。

NGS检测对象为DNA和RNA。

3  融合基因检测适用的样本类型

NSCLC肿瘤组织检测（包括细胞蜡块）和液体活检是融合基因检测的两种样本类型。

4  基于RNA-based NGS检测融合基因的专家共识

共识一：  相比DNA-based NGS，RNA-based NGS不受内含子影响，可提升融合基因的检出率。建议有条件的医疗机构对NSCLC样本进行一次性同步RNA-based NGS与DNA-based NGS的驱动基因变异（融合/突变）检测。【强烈推荐】

共识二：  目前RNA-based NGS可用于检测ALK、RET、ROS1、NTRK、NRG1和MET等驱动基因融合。【强烈推荐】

共识三：  由RNA-based NGS检测的融合基因可指导NSCLC融合变异相关的靶向治疗。【强烈推荐】

共识四：  RNA-based NGS可应用于所有NSCLC人群，同时建议更多关注与融合基因发生频率相关性较高的肺癌患者（如腺癌、女性、不吸烟、肿瘤进展快速等）。【强烈推荐】

共识五：  FFPE样本经质控评估合格后可用于RNA-based NGS检测融合基因。【强烈推荐】共识六：  RNA-based NGS检测融合基因应充分评估肿瘤细胞含量、RNA的完整性、文库产量

和纯度等质控信息，需在有资质的医疗机构出具RNA-based NGS检测报告。【强烈推荐】

本文结合专家观点及相关研究结果，主要对RNA-based NGS检测NSCLC融合基因的应用时机、应用场景、实践可及性和质控等进行了共识推荐。尽管如此，目前RNA-based NGS检测融合基因仍然存在未解决的问题。例如：缺乏在同一研究中经DNA-based NGS与RNA-based NGS同时检测各个融合基因的头对头研究设计，缺乏FFPE样本储存年限对经RNA-based NGS检测的RNA完整性、纯度、产量和检出率影响的可靠研究证据，缺乏DNA-based NGS与RNA-based NGS检出不一致时融合变异相关靶向治疗的队列研究结果。因此，建议在有条件的情况下开展前瞻性的大样本临床研究。  

〔本资料由朱明恕主任医师根据《基于RNA-based NGS检测非小细胞肺癌融合基因临床实践中国专家共识》（2023）编写〕

（本共识刊登于《中国肺癌杂志》2023年第11期。如欲全面详尽了解，请看全文）

2023.11.29