标  题: 第三代测序技术简介
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Nov 23 00:41:03 2009, 美东)

如果有人告诉你用显微镜实时观测单分子DNA聚合酶复制DNA，并用它来测序，你一定会
认为他异想天开，没有一点生物的sense。
我最初就是这样认为的，然而它不仅可以实现，而且已经实现了！这个就是被称为第三
代的测序技术，Pacific Biosciences公司推出的“Single Molecule Real Time (SMRT
™) DNA Sequencing”（单分子实时DNA测序）。
我有幸在NIH听到了这个技术发明人Stephen Turner博士的讲座，根据自己粗浅的理解
记录整理一下。

要实现单分子实时测序，有三个关键的技术。
第一个是荧光标记的脱氧核苷酸。显微镜现在再厉害，也不可能真的实时看到“单分子
”。但是它可以实时记录荧光的强度变化。当荧光标记的脱氧核苷酸被掺入DNA链的时
候，它的荧光就同时能在DNA链上探测到。当它与DNA链形成化学键的时候，它的荧光基
团就被DNA聚合酶切除，荧光消失。这种荧光标记的

今天本来有更重要的事情要做，但还是忍不住把玉米基因测序在SCIENCE上的4篇相关文章和一篇评论读了一遍，而PLOS GENETICS上的10篇相关文章，还一下子不能读完，只是对其中的一篇特别感兴趣，稍微读了一下。

 

刚刚看到科学网关于玉米基因组测序的报道，可以用4个字来形容，“惨不忍睹”（http://www.sciencenet.cn/htmlnews/2009/11/225368.shtm），科学报道中通常犯的一个错误就是，无限拔高有限结果的意义，而吸引公众的眼球。这篇报道在犯了这个错误的同时，有些翻译也是比较勉强，让内行人也读不懂。

 

其实要感慨的不是这个，感慨的是测序（文章中提到的BAC-BAC，454或者Solexa)，这些技术本身已经没有什么新意，基本是一个体力活，但如何把体力活干的漂亮，而且有新意，确是非常professional的事情。中国的测序能力，不说世界第一，至少也是排名前几位的，恰好中国政府也不差钱，所以也常常能在science,nature或所谓顶级杂志上灌灌水，今年已经灌个几回了，最近的一次是nature genetics黄瓜基因组的测序。

 

这些工作重要不重要？

Science, 玉米特辑！(同期PNAS和plant physio.都有相关的文章，估计总数超过20了）

 

应该是玉米届的大事，玉米B73基因组千呼万唤始出来！这期的SCIENCE还包括另外3篇与玉米有关的文章和一片评论。

1）墨西哥的一个当地玉米的测序

2）玉米的第一代HAPMAP

3）玉米杂种优势的转录水平解释！

 

Schnable 是最大的赢家，当然ED名字再次闪亮！

 

• 1. P. S. Schnable et al., Science 326, 1112 (2009).[Abstract/Free Full Text]
• 2. J.-P. Vielle-Calzada et al., Science 326, 1078 (2009). [Abstract/Free Full 

刚刚注意到，许多关于某从美国回来的博士，露宿北京街头的报道。真实感觉了这个只为博眼球的媒体的良心。始作俑者是北京电视台。

 

我们最应该关注的应该是一个病人，而不是关注留美博士的光环，对于一个精神病人炒作的结果是，让他更难回到现实生活。作为三个孩子的父亲（一个5岁，一个1岁的双胞胎），我想他清醒的时候比不清醒的时候更痛苦。

 

首先报道这个事情的北京电视台，为了收视率，率先报道了这个事情，我无法看到这个视频，但从一片骂声中，我以为，如果真的是一个有良心和责任心的媒体，应该是想办法去帮助治病，而不是大张旗鼓去博人眼球。

 

清醒的时候，我想这个博士的工作能力不会比我们的大部分差，所以他不需要同情和怜悯，但需要我们文明社会的尊重，需要人文的关怀。

 

这当然是一个个案，我希望社会尤其我们和谐的政府更应该和谐处理这个个案。向在为此事努力的几位好人致敬！

我们试图利用比较克隆结合关联分析的办法来分析水稻的一些重要基因在玉米中的功能。我们开始这个工作很多年以前，但结果并不如人意，这篇文章算是其中的一个例子。

 

尽管结果不是那么振奋人心，但经验教训却在：

1）我们过去可能高估了比较基因组的作用；即便在微线性水平，即以你的位置和内容一致，但功能可能并不一样；

2）复杂数量性状的关联分析，仍然是未知多于已知，我们需要更多点思考。

3）每个物种，我们都应当认为是模式物种，这点最近才领悟到。

全文放在公共信箱

 

Cloning and characterization of a putative GS3 ortholog involved in maize kernel development

 

期刊	TAG Theoretical and Applied Genetics
出版社	Springer Berlin / Heidelberg
ISSN	0040-5752 (Print) 1432-2242 (Online)

那一刻我一定灵魂出窍而去读这样的新闻，我真是无法理解这样的报纸存在的必要性是什么。十年前估计能放在厕所当手纸，现在生活水平提高了，估计大部分农村家庭都嫌硬。   崇阳确保完成《咸宁日报》征订任务

来源：咸宁日报 时间：09-11-09

稿件上传：liuhuafang

 PSY1基因是类胡萝卜素代谢途径的第一个关键酶基因，也是玉米中有直接证据的与进化有关的基因之一，其直接控制玉米籽粒果皮的颜色，同时也是玉米基因组中少有的几个已经知道（据我所知，玉米中已经证实了3个这样的区域）的slective sweep区域，其LD可以达到数百KB。

 

关于这个基因的研究报道有许多，包括玉米和其它物种，其中以玉米的研究最为深入。

 

我们感兴趣的两个问题是：

1）与玉米相近的其它禾本科作物，就这个基因而言，是否也受到明显的选择？其变异是什么样的？

下面这篇文章，我们试图回答这个问题。（全文在公共信箱）

http://www.springerlink.com/content/e8176586h60343qv/?p=5750832e998145afb4262cae63455b77&pi=10

 

2）尽管之前的研究表明（plant cell, 2003),在黄色玉米中PSY1基因几乎不衰退，也就是说几乎没有变异。这个结论是否可靠？换一句话说，黄色玉米中是否仍然存在有利自然变异而影响籽粒类胡萝卜素的含量，这个对高维生素A

 过了一岁生日后的第一天，默默便被送到了托儿所，一为减轻妈妈的负担，一为锻炼communication.小家伙从第一天哭到第三个星期，才开始慢慢适应，其撕心裂肺，震耳欲聋的声音，让呆在家里的妈妈更难受，因为托儿所推开窗户就能看见。好在，小家伙终于发现，其实在托儿所还是很有趣的，开始喜欢起来了，到后来主动要求去。每次经过，都要指指，告诉大家，这是我的托儿所。到了月末，因为在托儿所里表现优秀，还在额头上赢得了一颗小星星，小家伙很快知道这是表扬，其得意之情不溢言表。到了后来，再去接他回家的时候，就主动要求老师给贴小星星。如果没有贴，还会很失落。

 

而这2个月，其成长之快，让人惊讶，让人不由惊叹生命的神奇。首先是飞速的学会了走路，现在可以满处乱跑了，是三个CIMMYT同龄小朋友中最快走路的。尽管还不会说话，但知道的事情还真不少。走的时候，知道和你招手再见，也学会飞吻了，看见电视的舞蹈，也会不由自主的摇头跺脚。其可掬样子，让人忍俊不禁。

 

一天早晨，小子起的特别早，自己溜到地上来，到处玩，妈妈让他去枕头底下，把手表找出来，看看几点了。这么复杂和抽象的指令，他竟然也听的懂

人民日报

钱老去世以后，许多人问我们：钱老有什么遗言？并希望我们这些身边工作人员写一
篇“钱学森在最后的日子”的文稿。我们已告诉大家，钱老去世时很平静安详，他没有
什么最后的遗言。因为在钱老去世前的一段日子，他说话已经很困难了。我们可以向大
家提供的，是钱老最后一次向我们作的系统谈话的一份整理稿：钱老谈科技创新人才的
培养问题。那是于2005年3月29日下午在301医院谈的。后来钱老又多次谈到这个问题，
包括在一些中央领导同志看望他时的谈话。那都是断断续续的，没有这一次系统而又全
面。今天，我们把这份在保险柜里存放了好几年的谈话整理稿发表出来，也算是对广大
读者，对所有敬仰、爱戴钱老的人的一个交代。

'今天找你们来，想和你们说说我近来思考的一个问题，即人才培养问题。我想说的不
是一般人才的培养问题，而是科技创新人才的培养问题。我认为这是我们国家长远发展
的一个大问题。

今天，党和国家都很重视科技创新问题，投了不少钱搞什么“创新工程”、“创新计划
”等等，这是必要的。但我觉得更重要的是要具有创新思想的人才。问题在