瑕疵豆指的是发育异常的豆子，或是在精制过程中受污染的豆子。生豆中若混入瑕疵豆，会影响咖啡的香气，冲泡品质也会低于不含瑕疵豆的咖啡。农家在采收咖啡后，通常会先将咖啡樱桃放入水槽内并挑拣出未成熟的果实。当咖啡进入Dry Mill过程，也会使用比重挑拣机挑出未成熟豆，再用电动筛选机挑出异物及瑕疵豆。最后还有道人工挑拣的手续，以确保未混入任何瑕疵豆。

精品咖啡通常不会混入任何瑕疵豆。相对的，一旦汇入黑豆或发酵豆等瑕疵豆，该批生豆就无法被认定为精品咖啡。虽然有些小型店铺仍会以手工挑拣瑕疵豆，但若是经过严格筛选的精品咖啡，则没有再次挑拣的必要。生豆在烘培后，须挑拣出Quaker（未成熟豆或死豆）。巴西咖啡只要混入一颗Quaker，咖啡就会产生涩味及臭味；而哥伦比亚及中美洲的咖啡虽然不会因为混入Quaker而发出异臭，但仍会影响咖啡的香气。不过，精品咖啡中也鲜少有混入Quaker等瑕疵豆的案例。

大部分的咖啡豆都会因为混入瑕疵豆而产生异味，以下为较常见之异味说明。

包括药味及氯的味道等异味。通常是受未确实干燥、雨水、湿气等因素影响，是生豆受细菌感染发霉而产生的气味。

生豆若储存在潮湿的环境，咖啡豆内的脂肪成分就会吸收环境的异味。这种豆子通常会产生起司的臭味，冲煮出的咖啡也较为混浊。

在采收果实的过程或干燥作业中沾染到泥土，并吸收土中的有机物质而产生的异味。这种豆子所萃取的咖啡较混浊，尾韵也带有土味。

 进行水洗式的精制过程时果实较晚脱除，或是在水槽浸泡过久的生豆，会产生发酵臭味。另外，过度成熟并提早掉落的果实，在自然干燥式的精制过程中会自行发酵，并产生类似的异味。

过熟的果实会使生豆产生异味。虽然这类豆子没有强烈的发酵臭味，但随著时间增长，会产生更浓烈的果肉臭味。

咖啡豆中若混入未成熟的生豆，会使咖啡变得混浊并产生涩味。常见于巴西的自然干燥式生豆，以及为经严格挑拣的水洗式咖啡豆。

虫只若钻入咖啡果实内，会使生豆产生如蒸过马铃薯般的臭味。常见于卢旺达及大部分东非国家所产的咖啡豆。

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