加载中…引物BLAST比对之后的结果怎么分析？
(2013-05-10 10:42:47)
标签：
pcr实验序列上下技术支持参考文献 |
分类： PCR实验问题 |
在参考文献里看到的两个引物，打算用来做PCR，有人说可以将引物在BLAST里比对一下，但是这个结果要怎么看呢，哪个好呢？
右边的参数 Max score 、total score、
Query cover、 E value、 Max ident分别代表什么呢？
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http://liucheng.name/1299/Download GenBankGraphicsSort by: E value Score Percent identity Query start position Subject start positionNextPreviousDescriptionsShigella sonnei 53G main chromosome, complete genomeSequence ID: emb|HE616528.1|Length: 4988504Number of Matches: 2Related InformationRange 1: 45923 to 45938GenBankGraphicsNext MatchPrevious MatchAlignment statistics for match #1 Score Expect Identities Gaps Strand32.2 bits(16) 20 16/16(100%) 0/16(0%) Plus/Plus Query 3 GCTGGTCAACATCACC 18 |||||||||||||||| Sbjct 45923 GCTGGTCAACATCACC 45938Range 2: 3480692 to 3480706GenBankGraphicsNext MatchPrevious MatchFirst MatchAlignment statistics for match #2 Score Expect Identities Gaps Strand30.2 bits(15) 78 15/15(100%) 0/15(0%) Plus/Plus Query 4 CTGGTCAACATCACC 18 ||||||||||||||| Sbjct 3480692 CTGGTCAACATCACC 3480706上下两个Range1与Range对比一下就知道了
Query是指你提交的序列。
Sbjct是指blast到的序列
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