一，下载该软件

wget http://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz

tar xzf sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz

解压直接使用即可，里面有一大堆的软件，针对不同的测序仪，不同的数据

http://www.bio-info-trainee.com/wp-content/uploads/2015/03/SRA%E5%B7%A5%E5%85%B7sratoolkit%E6%8A%8A%E5%8E%9F%E5%A7%8B%E6%B5%8B%E5%BA%8F%E6%95%B0%E6%8D%AE%E8%BD%AC%E4%B8%BAfastq%E6%A0%BC%E5%BC%8F448.png

我一般只用/home/jmzeng/down_software/sratoolkit.2.3.5-2-ubuntu64/bin/fastq-dump

/home/jmzeng/down_software/sratoolkit.2.3.5-2-ubuntu64/bin/fastq-dump --split-3 SRR1793917.sra

二：下载数据

首先去NCBI里面搜索并找到你想要的数据的SRA地址，然后写脚本批量下载。

http://www.bio-info-trainee.com/wp-content/uploads/2015/03/SRA%E5%B7%A5%E5%85%B7sratoolkit%E6%8A%8A%E5%8E%9F%E5%A7%8B%E6%B5%8B%E5%BA%8F%E6%95%B0%E6%8D%AE%E8%BD%AC%E4%B8%BAfastq%E6%A0%BC%E5%BC%8F826.png

如果文献里面的SRA号，那么可以直接打开NCBI里面的搜索界面下载

如果文献里面是SRP号，那么该SRP会涉及到好几个SRA数据，得一个个开网站下载

三：用命令解压数据

下载之后的数据是

http://www.bio-info-trainee.com/wp-content/uploads/2015/03/SRA%E5%B7%A5%E5%85%B7sratoolkit%E6%8A%8A%E5%8E%9F%E5%A7%8B%E6%B5%8B%E5%BA%8F%E6%95%B0%E6%8D%AE%E8%BD%AC%E4%B8%BAfastq%E6%A0%BC%E5%BC%8F1008.png

非常简单的命令，就可以把当前文件夹下的所有sra都解压开来！

[shell]

for i in *sra
do
echo $i
/home/jmzeng/bio-soft/sratoolkit.2.3.5-2-ubuntu64/bin/fastq-dump --split-3 $i
done

[/shell]

解压的同时它也会显示每个SRA文件的数据量

http://www.bio-info-trainee.com/wp-content/uploads/2015/03/SRA%E5%B7%A5%E5%85%B7sratoolkit%E6%8A%8A%E5%8E%9F%E5%A7%8B%E6%B5%8B%E5%BA%8F%E6%95%B0%E6%8D%AE%E8%BD%AC%E4%B8%BAfastq%E6%A0%BC%E5%BC%8F1064.png

四：结果文件解读

http://www.bio-info-trainee.com/wp-content/uploads/2015/03/SRA%E5%B7%A5%E5%85%B7sratoolkit%E6%8A%8A%E5%8E%9F%E5%A7%8B%E6%B5%8B%E5%BA%8F%E6%95%B0%E6%8D%AE%E8%BD%AC%E4%B8%BAfastq%E6%A0%BC%E5%BC%8F1235.png

可以看到，每个SRA文件都产生了两个reads，分别是左右两端测序，说明这个SRA文件是双端测序策略。

随便打开一个fastq文件可以看到，它的读长是300bp

http://www.bio-info-trainee.com/wp-content/uploads/2015/03/SRA%E5%B7%A5%E5%85%B7sratoolkit%E6%8A%8A%E5%8E%9F%E5%A7%8B%E6%B5%8B%E5%BA%8F%E6%95%B0%E6%8D%AE%E8%BD%AC%E4%B8%BAfastq%E6%A0%BC%E5%BC%8F1479.png