（1）Protein：蛋白登陆号，Identifier of the protein this peptide is
associated with，肽段所属蛋白质组中得分最高的蛋白质登录号。备注：后续生信分析按照该蛋白进行。
（2）Protein
name：蛋白名，Protein name this peptide
is associated with，肽段所属蛋白质组中得分最高蛋白质的蛋白名。
（3）Gene
name：基因名，Gene name of the protein
is associated with，肽段所属蛋白质组中得分最高的蛋白质对应基因名。
（4）Function：蛋白功能，Protein function
annotaion this peptide is associated
with，肽段所属蛋白质组中得分最高的蛋白质功能描述。备注：仅使用uniprot数据库时，显示该描述。
（5）Mol weight [kDa]：蛋白质的理论分子质量，Molecular weight of the leading protein
sequence contained in the protein group，肽段所属蛋白质组中得分最高的蛋白质的理论分子量。
（6）Sequence length：蛋白质序列长度，The length of the protein this peptide is
associated with，肽段所属蛋白质组中得分最高的蛋白质的氨基酸个数。
（7）Positions within
Proteins：修饰位点的位置，For each protein identifier in the
'Proteins' column you find here the position of the site in the
respective protein sequence. 修饰位点在蛋白质组所有蛋白质氨基酸序列中的位置。
（8）Fasta headers：蛋白质在数据库中命名及描述，Descriptions of proteins this peptide is
associated with.肽段所属蛋白质在数据库中命名及描述。
（9）Leading proteins：leading蛋白质组登陆号，The identifiers of the proteins in the
proteinGroups file, with this protein as best match, this
particular peptide is associated with。proteinGroups文件中与该特定肽段相关的最匹配蛋白质登陆号
（10）Positions within Leading
proteins：leading蛋白质组中修饰位点位置，For each protein identifier in the 'Leading
Proteins' column you find here the position of the site in the
respective protein sequence。leading蛋白质组中每一个蛋白，修饰位点在该蛋白质氨基酸序列中的位置。
（11）Position：修饰位点的位置，The positions of the modifications in the
protein amino acid sequence。修饰位点在蛋白质氨基酸序列中的位置。
（12）Amino acid：修饰氨基酸，Modified amino acid
residue。发生修饰的氨基酸残基。
（13）Sequence window：序列窗口，Protein sequence upstream and downstream of
a peptide in a protein。肽段序列在蛋白中上下游的蛋白序列。
（14）Score：肽段总得分，The
Andromeda score of the best identified modified peptide containing
this site。Andromeda
肽段总得分。
（15）Score for
localization：修饰位点的总得分，The Andromeda score of the MS/MS spectrum
used for calculating the localization score for this
site。修饰位点的Andromeda
总得分。
（16）Mal
Probabilities：修饰位点的可能性，The possibility of modification of the
amino acid, is relatively more reliable with a
modification of 0.75 and above。修饰位点发生修饰的可能性，可能性在0.75及以上的修饰相对比较可信。
（17）Mal Score
diffs：修饰肽段得分与非修饰肽段得分的差值，Sequence representation for each of the
possible PTM positions in each possible configuration, the
difference is calculated between the identification score with the
PTM added to that position and the best scoring identification
where no PTM is added to that position. When this value is
negative, it is unlikely that the particular modification is
located at this position。修饰肽段的得分与该位点不发生修饰时的肽段的得分之间的差值，该值为负值时说明位点不太可能发生修饰。
（18）Position in
peptide：修饰位点在肽段中的位置，The positions of the modifications in the
peptide amino acid sequence。修饰位点在肽段中的位置。
（19）Charge：电荷数，Charge state of the precursor
ion。检测到的肽段电荷数。
（20）Mass error [ppm]：质量偏差，Mass error of the recalibrated
mass-over-charge value of the precursor ion in comparison to the
predicted monoisotopic mass of the identified peptide
sequence。肽段检测到的分子量与理论分子量的偏差。
（21）Potential
contaminant：是否为潜在污染肽段，When marked with '+', this particular
peptide was found to be part of a commonly occurring
contaminant。MaxQuant查库除分析目标数据库（正库）和反库外，还包含一个标准的污染库，该数据库中包含如keratins,
BSA, and
trypsin等常见污染蛋白质序列。如果检测到的肽段与这些潜在的污染蛋白序列匹配上，则会被标注“+”，请根据实验具体情况决定是否参与后续分析，例如某些污染蛋白可能是血清、乳清样本中重要的组成蛋白。
（22）Intensity X：样品X的肽段强度值，The peptide intensity in sample
X
样品X中的肽段强度值,即肽段表达水平。
（23）Average (XXX)：组内多个强度值的平均值，The average ex* level of
peptide in a group。组内多个样品的肽段强度值平均值，即组内肽段表达水平均值。
（24）Ratio (XXX/YYY)：两组样品间的肽段表达丰度的比值，Ratio of peptide abundance between two
groups。肽段在XXX组样品中强度值的平均值与在YYY组样品中强度值的平均值的比值。
（25）P value （t-test
）：两组样品间的肽段相对表达量的统计学检验，Statistical test of relative ex* of
peptides between two groups. P value (t-test) : each group of
samples includes at least three or more biological
repeats。基于t-test 的p
value适用情况：适用于每组样品至少包括三次及以上生物学重复的实验设计。
（26）MH[+]
Da: M代表你要测定物质的分子量，
在正离子模式下，或者换一种说法让你的待测物加上一个氢离子，让物质带上一个正电荷，进如质谱分析， 一般测出的质荷比是MH+（M+1)，
MK+（M+39）。
（27）Unique
peptides：此蛋白包含的特异性肽段数目。
（28）m/z
Da：该肽段的质荷比。
（29）Charge：该肽段序列带电荷数。
（30）XCorr：PSM
可信度的打分，仪器设备有一个可信度标准，带不同电荷得分标准不同，此得分高低会直接体现在肽段和蛋白的可信度上。
（31）Accession：数据库中蛋白对应的ID号，是不同蛋白特征性的编号。
（32）Description：蛋白名称的详细描述。
（33）Coverage：鉴定到的肽段在蛋白上的覆盖度。
（34）#
Peptides：鉴定到不同肽段的总数目，即有多少肽段匹配到此蛋白上；
（35）#
PSMs：肽段匹配到二级谱图的数目；
（36）# Unique
Peptides：此蛋白包含的特异性肽段数目；
（37）# Protein
Groups：该蛋白出现在几个group里，一般为1；
（38）#
AAs：该蛋白包含的氨基酸数目；
（39）MW
[kDa]：理论分子量；
（40）lc. pI：理论等电点；
（41）Score Sequest
HT：对蛋白匹配度的打分，分数越高可信度越高；
（42）-10lgP：蛋白可信度得分，值越大表表明该蛋白包含的可信肽段越多；
（43）PTM：修饰类型；
（44）Avg.
Mass：平均分子量；
（45）Length：此肽段氨基酸数目；
（46）Ppm：此肽段质量与理论值偏差；
（47）m/z：该肽段质荷比；
（48）RT：保留时间，以min为单位；
（49）Area Sample
1：肽段在实验结果中所有谱峰的峰面积加和；
（50）#Spec/#
PSMs：该肽段匹配谱图数；
（51）PTM：肽段修饰类型；
（52）Percolator q-Value Sequest
HT：该肽段q值，越小越好；
（53）# Missed
Cleavages：漏切位点（一般≤2），过大会导致错误匹配；
（54）Peptide-Spectrum
matching(PSM)：就是指谱图与肽段的匹配。匹配得越好，则反推出的蛋白就越准确。这个匹配的过程，也就是我们常说的搜库。简单的理解为检测到的肽段数目。
质谱中的名词解释
（1）Protein：蛋白登陆号，Identifier of the protein this peptide is associated with，肽段所属蛋白质组中得分最高的蛋白质登录号。备注：后续生信分析按照该蛋白进行。
（2）Protein name：蛋白名，Protein name this peptide is associated with，肽段所属蛋白质组中得分最高蛋白质的蛋白名。
（3）Gene name：基因名，Gene name of the protein is associated with，肽段所属蛋白质组中得分最高的蛋白质对应基因名。
（4）Function：蛋白功能，Protein function annotaion this peptide is associated with，肽段所属蛋白质组中得分最高的蛋白质功能描述。备注：仅使用uniprot数据库时，显示该描述。
（5）Mol weight [kDa]：蛋白质的理论分子质量，Molecular weight of the leading protein sequence contained in the protein group，肽段所属蛋白质组中得分最高的蛋白质的理论分子量。
（6）Sequence length：蛋白质序列长度，The length of the protein this peptide is associated with，肽段所属蛋白质组中得分最高的蛋白质的氨基酸个数。
（7）Positions within Proteins：修饰位点的位置，For each protein identifier in the 'Proteins' column you find here the position of the site in the respective protein sequence. 修饰位点在蛋白质组所有蛋白质氨基酸序列中的位置。
（8）Fasta headers：蛋白质在数据库中命名及描述，Descriptions of proteins this peptide is associated with.肽段所属蛋白质在数据库中命名及描述。
（9）Leading proteins：leading蛋白质组登陆号，The identifiers of the proteins in the proteinGroups file, with this protein as best match, this particular peptide is associated with。proteinGroups文件中与该特定肽段相关的最匹配蛋白质登陆号
（10）Positions within Leading proteins：leading蛋白质组中修饰位点位置，For each protein identifier in the 'Leading Proteins' column you find here the position of the site in the respective protein sequence。leading蛋白质组中每一个蛋白，修饰位点在该蛋白质氨基酸序列中的位置。
（11）Position：修饰位点的位置，The positions of the modifications in the protein amino acid sequence。修饰位点在蛋白质氨基酸序列中的位置。
（12）Amino acid：修饰氨基酸，Modified amino acid residue。发生修饰的氨基酸残基。
（13）Sequence window：序列窗口，Protein sequence upstream and downstream of a peptide in a protein。肽段序列在蛋白中上下游的蛋白序列。
（14）Score：肽段总得分，The Andromeda score of the best identified modified peptide containing this site。Andromeda 肽段总得分。
（15）Score for localization：修饰位点的总得分，The Andromeda score of the MS/MS spectrum used for calculating the localization score for this site。修饰位点的Andromeda 总得分。
（16）Mal Probabilities：修饰位点的可能性，The possibility of modification of the amino acid, is relatively more reliable with a modification of 0.75 and above。修饰位点发生修饰的可能性，可能性在0.75及以上的修饰相对比较可信。
（17）Mal Score diffs：修饰肽段得分与非修饰肽段得分的差值，Sequence representation for each of the possible PTM positions in each possible configuration, the difference is calculated between the identification score with the PTM added to that position and the best scoring identification where no PTM is added to that position. When this value is negative, it is unlikely that the particular modification is located at this position。修饰肽段的得分与该位点不发生修饰时的肽段的得分之间的差值，该值为负值时说明位点不太可能发生修饰。
（18）Position in peptide：修饰位点在肽段中的位置，The positions of the modifications in the peptide amino acid sequence。修饰位点在肽段中的位置。
（19）Charge：电荷数，Charge state of the precursor ion。检测到的肽段电荷数。
（20）Mass error [ppm]：质量偏差，Mass error of the recalibrated mass-over-charge value of the precursor ion in comparison to the predicted monoisotopic mass of the identified peptide sequence。肽段检测到的分子量与理论分子量的偏差。
（21）Potential contaminant：是否为潜在污染肽段，When marked with '+', this particular peptide was found to be part of a commonly occurring contaminant。MaxQuant查库除分析目标数据库（正库）和反库外，还包含一个标准的污染库，该数据库中包含如keratins, BSA, and trypsin等常见污染蛋白质序列。如果检测到的肽段与这些潜在的污染蛋白序列匹配上，则会被标注“+”，请根据实验具体情况决定是否参与后续分析，例如某些污染蛋白可能是血清、乳清样本中重要的组成蛋白。
（22）Intensity X：样品X的肽段强度值，The peptide intensity in sample X
样品X中的肽段强度值,即肽段表达水平。
（23）Average (XXX)：组内多个强度值的平均值，The average ex* level of peptide in a group。组内多个样品的肽段强度值平均值，即组内肽段表达水平均值。
（24）Ratio (XXX/YYY)：两组样品间的肽段表达丰度的比值，Ratio of peptide abundance between two groups。肽段在XXX组样品中强度值的平均值与在YYY组样品中强度值的平均值的比值。
（25）P value （t-test ）：两组样品间的肽段相对表达量的统计学检验，Statistical test of relative ex* of peptides between two groups. P value (t-test) : each group of samples includes at least three or more biological repeats。基于t-test 的p value适用情况：适用于每组样品至少包括三次及以上生物学重复的实验设计。
（26）MH[+] Da: M代表你要测定物质的分子量， 在正离子模式下，或者换一种说法让你的待测物加上一个氢离子，让物质带上一个正电荷，进如质谱分析， 一般测出的质荷比是MH+（M+1)， MK+（M+39）。
（27）Unique peptides：此蛋白包含的特异性肽段数目。
（28）m/z Da：该肽段的质荷比。
（29）Charge：该肽段序列带电荷数。
（30）XCorr：PSM 可信度的打分，仪器设备有一个可信度标准，带不同电荷得分标准不同，此得分高低会直接体现在肽段和蛋白的可信度上。
（31）Accession：数据库中蛋白对应的ID号，是不同蛋白特征性的编号。
（32）Description：蛋白名称的详细描述。
（33）Coverage：鉴定到的肽段在蛋白上的覆盖度。
（34）# Peptides：鉴定到不同肽段的总数目，即有多少肽段匹配到此蛋白上；
（35）# PSMs：肽段匹配到二级谱图的数目；
（36）# Unique Peptides：此蛋白包含的特异性肽段数目；
（37）# Protein Groups：该蛋白出现在几个group里，一般为1；
（38）# AAs：该蛋白包含的氨基酸数目；
（39）MW [kDa]：理论分子量；
（40）lc. pI：理论等电点；
（41）Score Sequest HT：对蛋白匹配度的打分，分数越高可信度越高；
（42）-10lgP：蛋白可信度得分，值越大表表明该蛋白包含的可信肽段越多；
（43）PTM：修饰类型；
（44）Avg. Mass：平均分子量；
（45）Length：此肽段氨基酸数目；
（46）Ppm：此肽段质量与理论值偏差；
（47）m/z：该肽段质荷比；
（48）RT：保留时间，以min为单位；
（49）Area Sample 1：肽段在实验结果中所有谱峰的峰面积加和；
（50）#Spec/# PSMs：该肽段匹配谱图数；
（51）PTM：肽段修饰类型；
（52）Percolator q-Value Sequest HT：该肽段q值，越小越好；
（53）# Missed Cleavages：漏切位点（一般≤2），过大会导致错误匹配；
（54）Peptide-Spectrum matching(PSM)：就是指谱图与肽段的匹配。匹配得越好，则反推出的蛋白就越准确。这个匹配的过程，也就是我们常说的搜库。简单的理解为检测到的肽段数目。