命门一词最早见于《灵枢》篇，但指“目”而言，秦漢以后才把它作为臟象学說中的一个概念。命门的另一种记载则见于《难经·三十六难》：“脏各有一耳，肾独有二者何也？然肾二者非皆肾也，其左为肾，右者为命门，命门者诸神精之所舍，元气之所系也，男子以藏精，女子以系胞，故知肾有一也。”

中医的命门是人体的肾脏。中医认为，肾为先天之本，是人体的精气所在。肾气亦称为元气，肾门亦称为命门。男为精关，女为产户。如《医学实在易》：“凡称之曰门皆指出入处而言也。况身形末生之初，父母交会之际，男子施由此门出，女子受由此门入。乃胎元既定，复由此门而生。......重之曰命门也。”

在总结前人经验的基础上，结合自己所学，张景岳提出：“肾脏者，主先天真一之气，北门锁钥之司也，而其所以为锁钥者，正赖命门之闭固……为一身化生之源也，此命门与肾本同一气……是命门原属于肾，非有别为一脏也。”同时又指出：“命门者，为水火之府，阴阳之宅，为精气之海，为生死之窦。”认为命门的功能如此重要，就是靠其所藏的元阴和元阳。元阴即元精，元阳即元气，元精是构成人体的物质基础，元气是人体进行生命活动的动力，精主濡之，气主煦之，濡之则用之不竭，煦之则生化无穷，所以“五脏之阴气非此不能滋，五脏之阳气非此不能发。

再一说命门在两肾之间，如《素问·剌禁论》说：“七节之傍，中有小心。”即在脊椎从上向下数的第十四椎下，从下向上数的第七椎上的位置。又明代赵献可《医贯》说：“命门在人身之中，对脐附脊骨，自上数下，则为十四椎；自下数上，则为七椎。”本穴因其位处腰背的正中部位，内连脊骨，在人体重力场中为位置低下之处，脊骨内的高温高压阴性水液由此外输体表督脉，本穴外输的阴性水液有维系督脉气血流行不息的作用，为人体的生命之本，故名命门。

命门主要是藏“真火”，因而称之为“命门火”或“命火”。由于肾脏是“先天之本”、“水火之宅”，所以不论从上述哪种观点来看，命门的功能都与肾脏有十分密切的关系。在临床应用方面，主要是根据右手尺部的脉的变化来分析命门的盛衰。命门火衰的病人，会出现四肢清冷，五更泻，男子阳痿早泄，女子宫寒不孕，舌质淡，脉沉迟等虚寒现象。所以治疗多采用温阳补肾的方法