启动子是一段特定的直接与RNA聚合酶及其转录因子相结合、决定基因转录起始与否的DNA序列。不同的启动子对RNA聚合酶的亲和力不同，所结合的反式作用因子（trans-acting factors）也不同，因此，基因转录活性也很不相同。

Ⅰ.典型的原核启动子有四大要素

转录起始位点，-10区（解旋区，Pribnowbox），-35区（识别区，TTGACA区）和-10区与-35区之间的间隔。

原核基因转录起始位点通常是嘌呤，其序列为CAT（A为起始位点）。
-10区是一个6碱基保守序列（常以-10为中心）。T₈₀A₉₅t₄₅A₆₀A₅₀T₉₆，有助于DNA的解链。
-35区是另一个6碱基保守序列（常以-35为中心）。T₈₂T₈₄G₇₈A₆₅C₅₄a₄₅
研究表明，当-10区和-35区中心位置相距16-18bp时，该启动子的功能较强；相距较近或较远时，起始转录的功能都相应减弱。

CAP序列，增强聚合酶的结合和转录的起始序列（-70~-40）；  

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Ⅱ.真核基因启动子

真核生物有3类RNA聚合酶，负责转录3类不同的启动子。

由RNA聚合酶I负责转录的rRNA基因，启动子（I类）比较单一，由转录起始位点附近的两部分序列构成。第一部分是核心启动子（core promoter），由-45—+20位核苷酸组成，单独存在时就足以起始转录。另一部分由-170—-107位序列组成，称为上游调控元件，能有效地增强转录效率。  

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  由RNA聚合酶Ⅲ负责转录的是5SrRNA、tRNA和某些核内小分子RNA（snRNA），其启动子（Ⅲ类）组成较复杂，又可被分为三个亚类。两类5S rRNA和tRNA基因的启动子是内部启动子（internal promoter），位于转录起始位点的下游，都由两部分组成。第三类启动子由三个部分组成，位于转录起始位点上游。  

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  由RNA聚合酶II负责转录的II类基因包括所有蛋白质编码基因和部分snRNA基因，后者的启动子结构与III类基因启动子中的第三种类型相似，编码蛋白质的II类基因启动子在结构上有共同的保守序列（转录起始位点、TATA框、CAAT框、增强子）。
转录起始位点没有广泛的序列同源性，但第一个碱基为腺嘌呤（A），而两侧是嘧啶碱基。这个区域被称为起始子（initiator， Inr），序列可表示为P_y2CAP_y5。Inr元件位于-3—+5。仅由Inr元件组成的启动子是具有可被RNA聚合酶II识别的最简单启动子形式。

TATA框：多数II类启动子有一个被称为TATA盒的共有序列，通常处于-30区，相对于转录起始位点的位置比较固定。TATA盒存在于所有真核生物中，TATA盒是一个保守的七碱基对，其序列为：

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  也有一些II类启动子不含有TATA盒，这样的启动子称为无TATA盒启动子。

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CAAT框：其共有序列为GGC/TCAATCT，一般位于-75（-70～-78 bp）附近。虽然此序列名为CAAT框，但其中头两个G的重要性并不亚于CAAT部分。CAAT框为上游控制元件，为转录所需。
增强子（enhancer）：又称远上游序列（far upstream sequence）。一般都在-1OO以上。增强子的作用主要是，对依赖于TATA框的转录和不依赖TATA框的转录都有增强效应，但对前者增强效应高；距离效应和极性效应。

其中起始位点和TATA框合称为核心启动子，CAAT框和增强子合称为上游启动子元件（UPE）。

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目前和启动子功能变异有关的疾病有：哮喘、 β地中海贫血、鲁宾斯坦泰比综合症

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