位于新疆巴音郭楞蒙古自治州博湖县天山南坡焉耆盆地东南部的博斯腾湖，是我国最大的中生代断陷构造的内陆淡水湖、及最大的内陆吞吐湖。所谓内陆吞吐湖是指湖水少了向内流，湖水多了向外流。一般内流多于外流或不外流的湖泊多为咸水湖，博斯腾湖因其独特的自然环境，某种程度还不能称之为严格意义上的内陆吞吐湖。由于向博斯腾湖注水的河流干流开都河，其每年向博斯腾湖注入30多亿方水，占博斯腾湖水源补给的96%。原来夏季波涛汹涌的开都河现在变成了涓涓细流，以前水有两三米深，现在不到一米，可以看到河底，甚至部分河段出现短暂断流。开都河水量丰富、落差大，从源头到入湖口共有11个阶梯，每个阶梯都蕴藏着巨大能量，使得开都河变成了水利开发的重点河流。目前的开都河上游建成使用的电站至少有3个，蓄水在2.39亿立方米。而开都河上游电站的设计库容达30.106亿立方米，如果全部建成运营，将截断开都河一年径流量的90%。另一方面，而改道向塔里木河输送的工农业用水也在逐年变大，使湖水“入不敷出”。而旅游配套和管理的缺陷，人为造成外来物种威胁、使博斯腾湖中的国家一级保护动物新疆大头鱼等珍稀物种濒危灭绝，游客和当地居民喜欢挖掘湖边的一种蘑菇：苇子菇，破坏了固化沙地的红柳、芦苇等植被生态链条，使沙漠化加剧。

    数据显示，博斯腾湖的水位高度从2002年至2012年间，湖面海拔水位从最初1049.39米下降到1045.05米，10年水位下降了4.34米，每年平均下降0.43米，也就意味着这个平均水深只有9米（最大水深为17米）的湖泊在未来20年后彻底干枯，成为第二个罗布泊。湖泊注水减少，同时使博斯腾湖的蓄水海绵：面积近40万亩的芦苇萎缩，而生长在孔雀河畔、小湖湖畔（伴生水系）的芦苇更像植物抽水机，博斯腾湖水位的下降，常使孔雀河断流，使沿岸近449万亩公益林面临枯死，河流周边70%的草场也开始退化，加速水系统平衡的坍塌。目前博斯腾湖警界水位仅剩5厘米，离死海的命运近在咫尺，而周边土地沙化将跟踵而至。