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R软件包vegan教程 5.2 同质性和beta多样性

(2012-12-11 15:27:20)
标签:

r软件

vegan软件包

排序

同质性

beta多样性

5.2 组的同质性和beta多样性(Homogeneity of groups and beta diversity

 

函数 adonis 研究组平均值的差异,而函数 betadisper 研究组间同质性。adonis 跟多元方差分析的功能相同,betadisper 等同于Levene’s 等方差检验。

   

实例中继续前面章节的分析,检查beta多样性。该函数只能把一个因子作为自变量,它不知道公式界面,所以需要我们 attach 数据框或者用 with 使因子在函数中变得可见。【命令结果如下图所示】

 

http://s11/mw690/b5c8908cgd08ea20141ba&6905.2 同质性和beta多样性" TITLE="R软件包vegan教程 5.2 同质性和beta多样性" />

 

该函数使用命令 plot boxplot 实现“结果可视化”(做图):

输入、执行  plot(mod)  得到下图

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输入执行 boxplot(mod),得到下图:

 

http://s16/bmiddle/b5c8908cgd08eae3c369f&6905.2 同质性和beta多样性" TITLE="R软件包vegan教程 5.2 同质性和beta多样性" />

模型拟合显著性检验可以使用标准参数检验 anova 或者序列检验 permutest

 

http://s11/mw690/b5c8908cgd08ebb4701fa&6905.2 同质性和beta多样性" TITLE="R软件包vegan教程 5.2 同质性和beta多样性" />

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还可以做成对的组与组之间差异性检验,用的是 Tukey’s HSD 检验:

 

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