R软件包vegan教程 5.2 同质性和beta多样性

标签:
r软件vegan软件包排序同质性beta多样性 |
5.2 组的同质性和beta多样性(Homogeneity of groups and beta diversity
函数 adonis 研究组平均值的差异,而函数 betadisper 研究组间同质性。adonis 跟多元方差分析的功能相同,betadisper 等同于Levene’s 等方差检验。
实例中继续前面章节的分析,检查beta多样性。该函数只能把一个因子作为自变量,它不知道公式界面,所以需要我们 attach 数据框或者用 with 使因子在函数中变得可见。【命令和结果如下图所示】
http://s11/mw690/b5c8908cgd08ea20141ba&6905.2
该函数使用命令 plot 和 boxplot 实现“结果可视化”(做图):
输入、执行
http://s6/bmiddle/b5c8908cgd08eaa076655&6905.2
输入执行 boxplot(mod),得到下图:
http://s16/bmiddle/b5c8908cgd08eae3c369f&6905.2
http://s11/mw690/b5c8908cgd08ebb4701fa&6905.2
http://s3/mw690/b5c8908cgd08ebca0e082&6905.2
还可以做成对的组与组之间差异性检验,用的是 Tukey’s HSD 检验:
http://s2/mw690/b5c8908cgd08ebffe6af1&6905.2