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欢迎加入fightAIDS@home

(2013-01-05 21:40:14)
标签:

gay

hiv

艾滋病

感染者

情感

http://s5/mw690/aed57542gd28ac99c1644&690
    我想给大家介绍一个项目,通过它我们每个人都可以为艾滋病的科研和攻克贡献自己的一份力量。

    虽然由于专业知识的限制,我们不可能直接参与到艾滋病的科研中去,但是在现代科学的研究方法中,研究者会提出很多可能性,比如一个模型,或者实验,有很多东西需要计算,而往往这些计算都是交给超级计算机的。不幸的是超级计算机的数量是有限的,处理速度也是有限的,科研项目又不只艾滋病项目一个,所以研究者不可能全马力地推动艾滋病的研究,科研速度很可能受到计算机处理速度的限制。这个时候有一个叫做BOINC的软件,可以把超级计算机的计算任务分解成小的任务包,下发给安装了这个软件的人,这个包可能会在个人电脑上计算1个小时或者1天的时间,然后把计算结果再通过网络传给项目负责人,BOINC通过这种方式来分担超级计算机的任务。虽然一个人的电脑处理能力很小,但是当很多人加入到BOINC的时候,力量就会很大,在BOINC上运行的艾滋病研究项目一天计算出的任务量相当于一台电脑计算228年。我们可以用这种方式来缩短艾滋病项目的研究时间,从而推动艾滋病研究。

    BOINC是Berkeley Open Infrastructure for Network Computing的首字母缩写,即伯克利开放式网络计算平台,是用于志愿计算和网格计算的开放的中间件系统。它是一个软件,用分解任务、分摊计算的方式来贡献志愿者的CPU处理时间,现在在这个平台上处理的项目包括生命科学类等11个大类,而我所说的艾滋病研究是IBM公司主持的world community grid的一个子项目fightAIDS@home。我想说的是,这个软件绝对是安全的,而且这个项目绝对是真实有意义的,我们可以在项目网站上看到基于自己贡献的志愿计算而得到的研究论文,也许上面还会署有你的名字。

    如果你愿意,你就可以加入到BOINC的志愿者行列中来。你需要做的只是去BOINC的中国区网站上下载一个BOINC软件,然后添加world community grid项目,注册自己的账户,在网页里选择fightAIDS@home这个子项目。当你连接到网络的时候,你就可以领到属于自己的任务包,然后经过一段时间的计算,计算结果会在你下次连接网络的时候传到项目主机上,你会得到相应的积分,还有项目的徽章纪念。并且我还建议用中文姓名的全拼注册用户名,因为说不定什么时候你的名字会出现在研究论文的附录中。

    除了fightAIDS@home,这里还有另外一个涉及艾滋病研究的项目给大家推荐,它叫做Rosetta@home,它是与world community grid一个级别的项目,主要研究蛋白质结构预测,其中涉及艾滋病研究,如果大家感兴趣也可以加入。

    总之,希望更多的人加入到志愿计算中来,为艾滋病研究贡献出自己的一份力量。

    以下我copy了fightAIDS@home项目网站里的介绍,供大家参考。

    “位于斯克里普斯研究所(TSRI)的Arthur J.Olson教授的实验室正在研究计算方法,以根据分子结构研制抗 HIV的药物。科学界已经反复证明,分子的功能与其构成的原子的三维形状相关。Olson的研究目标是HIV蛋白酶,这是一种关键的分子机器(molecular machine),如果它被抑制,就能够使病毒停止生长。这些抑制物质称为“蛋白酶抑制剂”,它们可以避免艾滋病的发作,从而延长生命。Olson实验室正在使用计算方法来确定具有正确的分子外形和化学特征的新候选药物,以用于抑制HIV蛋白酶。这个常规方法被称为“基于结构的药物设计”,根据 National Institutes of Health 的 National Institute of General Medical Sciences 的调查,这种方法已经对艾滋病人产生了神奇的效果。
    更具挑战性的是,HIV 的复制并不精确,它会连续不断地产生新的变异,其中一些可能已对当前的药物产生抗体。因此,科学家们必须继续研究疗效更好的新药物,以对抗这些不断变化的变异,这是一项意义非凡的工作。
    科学家们可以根据实验分别确定蛋白质和药物分子的外形,但常常不能将两者有机地结合起来。如果科学家们研究出药物分子如何“击中”目标蛋白质的“要害”,化学家们就会明白该如何研制比现有药物更有效的药物。
    为应对这些挑战,World Community Grid的FightAIDS@Home 项目运行一种名为AutoDock的软件程序,这种程序是由 Olson 教授的实验室开发的。AutoDock 是一套工具,它可以预测小分子(如候选的药物)如何粘连或“附着”到已知3D结构的受体。AutoDock的第一个版本由 Olson 实验室的David S. Goodsell博士于 1990 年编写;而由Garrett M. Morris博士开发的较新版本也已发布,在该版本中为 AutoDock 增加了新的科学见解和策略,使得该程序计算能力更强,计算速度更快,而且使其他科学家更易于使用。从该项目伊始,World Community Grid 就一直在运行AutoDock V4的预发布版本。2007 年 8 月,World Community Grid 开始运行公开发布的新的 AutoDock V4,这个版本能够更快、更准确地处理灵活的目标分子,因此还可以用于蛋白质分子之间的对接分析。AutoDock 在 World Community Grid 的 FightAIDS@Home 项目中将大量不同的小分子对接到 HIV 蛋白酶,从而可以通过计算方法找到最合适的分子,然后在实验室中进行挑选和测试,以更有效地对抗 HIV 病毒。斯克里普斯研究所、World Community Grid 以及数量不断增加的志愿者队伍共同努力,能够以前所未有的速度找到更好的治疗方法。”


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