崔彦昭擅长经济，儒学基础深厚，精于吏治。“修乃文可以兴文教，励乃武可以成武功。”所莅有声，同僚都佩服他，尊重他的决定。同时，深得域内百姓爱戴。唐懿宗咸通十年，检校礼部尚书、孟州刺史、河阳怀节度使，进阶金紫。咸通十二年正月，加检校刑部尚书、太原尹、北都留守、河东节度管内观察等使。

唐懿宗咸通四年，南诏对安南发动战争，唐朝在平定安南战争时，朝廷在徐、泗地区募兵驰援，并分兵八百戍守桂州（今广西桂林）。咸通九年七月，戍守桂州的徐、泗地区的士兵，在返回家乡快要到达徐州时，在庞勋的带领下发生哗变，史称“桂林兵变”，也称“庞勋起义”。唐军统帅以沙坨骑兵为先锋，很快就消灭了庞勋的起义军。这次战争动摇了唐朝的统治基础。特别是沙坨骑兵进入中原，使唐帝国的北方极不稳定。沙坨诸部触犯纪律，不断挑战朝廷底线，北戎边疆盗贼蜂起，民不聊生。崔彦昭对沙坨诸部恩威并重，柔以恩惠，来以兵威，用三年的时间，使朝廷的北门大治，军民歌之。等到任职期满，数千百姓乞求朝廷留任。

唐僖宗即位，崔彦昭加任校吏部尚书。当时赵隐、高璩知政事，同崔彦昭同年进士。于是他们向朝廷推荐，崔彦昭擅长经济，在财政、赋税领域见长。咸通十五年三月，召崔彦昭为吏部侍郎，充诸道盐铁转运使。唐僖宗乾符初年，以本官同平章事、判度支。

唐僖宗初登基，百废待兴。杨收、路严、韦保衡结成朋党，收受贿赂被治罪。萧仿秉政，锐意改革，克服弊端。而崔彦昭辅政数月，百职修举，察而不烦，满朝文武都以士君子来称赞他。不到六个月，升迁崔彦昭为门下侍郎。唐僖宗以崔彦昭为标杆、榜样，诫之百官。僖宗称赞崔彦昭“修乃文可以兴文教，励乃武可以成武功。”“尔其坚持正直，允执规程。但畏幽阴，必归公当。奖善须明，惩奸须锐。利于人者，虽难必举，利于己者，虽易勿为。”僖宗对崔彦昭掌控朝廷财政度支平衡，称赞他“不烦内库，有助涓毫；不假外藩，有进丝发。军食所入，余剩于明年，郊庙所供，克办于今岁。”僖宗告诫群臣：“在卿匡国，必使恩从下布，法自上行。但立直标，终无曲影。”随后，再拜崔彦昭为中书侍郎，依前判度支事。

崔彦昭事母至孝，虽然担任宰相，每天退朝后都要亲自侍奉母亲吃饭。当母亲吃饭的时候，总是毕恭毕敬的和仆人一起侍立在旁。一旦母亲吃完，都是自己亲自动手给母亲添加菜肴或收拾碗筷。与家人们交谈从来就是低声细语，顺色柔声。对于崔彦昭的孝顺，没有不称赞他的。

崔彦昭和山西王凝是姨表兄弟，唐宣宗大中初年，两人一块参加科举考试，王凝高中进士，崔彦昭落榜。崔彦昭前往表兄王凝家中去看望他，希望能得到表兄的安慰和指教。没想到王凝竟然不系冠带，极其不礼貌的见他。并且态度傲慢的对崔彦昭说，参加科举考试对你来说太难了，是否可以考虑从明经举？言外之意是说崔彦昭，走科举考试之路是走不通的，从明经举还有点希望。崔彦昭对表兄非常失望，这种傲慢和冷落是对自己极大的侮辱。自己回到家中，便发奋读书，终于在大中三年考中进士，进入仕途。到唐僖宗乾符初年，被封为宰相，成为首辅大臣，可以说是一人之下，万人之上。而此时的王凝，官至兵部侍郎。崔彦昭不忘对王凝的旧怨，总想找茬报复王凝。崔彦昭的母亲对自己的儿子了如指掌，知道儿子心灵当年受到的伤害是刻骨铭心的。因此，闻知自己的儿子做了宰相，便吩咐自己的婢女，多给自己做一些袜子和鞋子，并对她们说，“我妹妹和她的儿子都要被流放，我要和她们同行！”这话很快就传给了崔彦昭，他听到后慌忙向母亲承认错误，拜谢母亲说“儿子必不敢妄为，请您老人家放心！”崔彦昭一心纯孝，使他放弃了多年的积怨，而王凝则避免了被贬乃至流放的命运。

当时，戏子伶人李可及被懿宗所宠幸，横行霸道，危及朝廷威严。崔彦昭上奏僖宗，流放岭南。后来，李可及死在岭南。崔彦昭又兼任尚书右仆射，不久，崔彦昭因病辞去所有官职，告老还乡，授太子太傅。过了不长时间卒于家中。