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1927年,弗莱明在英国的圣玛丽医院(St Mary Hospital)开始研究金黄色葡萄球菌(Staphylococcusaureus),这是一种具有代表性的革兰氏阳性菌,在微生物学上属于葡萄球菌属,革兰氏阳性菌是很多严重感染的元凶。到了第二年的七月份,弗莱明在休假前培养了一批金黄色葡萄球菌,然后就照例去休假了。但是因为培养皿不干净,或者掉进了脏东西,等到他九月份休假回来再来的实验室时,他发现培养皿里面长了霉。如果弗莱明是一个粗心的人,可能把培养皿洗洗重新做实验楼,不过弗莱明是一个很仔细的人,他发现霉菌周围的葡萄球菌似乎被溶解了,于是他用显微镜观察霉菌周围,发现葡萄球菌都死掉了。弗莱明猜想霉菌的某种分泌物杀死了葡萄球菌,弗莱明把这种物质称为“发霉的果汁”(MouldJuice)。为了证实他的猜测,弗莱明又花了几周的时间培养出更多这样的霉菌,以便能够重复先前的结果。此后经过鉴定,这种霉菌为点青霉菌(PenicilliumGenus),1929年弗莱明 在发表论文时将这种分泌的物质称为青霉素(Penicillin),中国过去对这种药物按照音译,翻译成盘尼西林。后来根据弗莱明的回忆,他最初发现青霉素的这一天是1928年9月28日。这一天后来也就被正式地确定为人类发明青霉素的纪念日。弗莱明后来在一封信中(被称为红色的信)这样记录了这个偶然的发现“当我在1928年9月28日早晨醒来,我根本没有意识到我因为发现世界上第一种抗生素而将改变整个医疗。”

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遗憾的是弗莱明本人也一直未能找到分离提取青霉素的方法,于是他将点青霉菌菌株一代代地培养。弗莱明关于青霉素的论文早在1929年就发表了,但是在长达十年的时间里都没有引起医学界的关注。
为什么人类急需的抗菌物质在被发现,并且论文被发表之后还会被搁置长达十年的时间呢?这里面有三个重要的原因,首先是弗莱明本人的原因,他是一个有了名的不善表达的人。我们经常看到很多搞科学或者搞工程的人,他们虽然善于思考问题,但是不重视自己表达能力的训练,最终这个弱点极大地限制了他们的发展。弗莱明其实也吃了这个亏。弗莱明本人不是很懂得化学,因此他无法从霉菌中分离出青霉素,但是他又无法说服化学家们来和他合作做这件事情。第二个原因是当时的科研机制和今天不一样,今天科研经费要么来自于政府,要么来自于工业界或者捐赠,不论是哪种来源,都需要报告科研成果给出钱的一方,因此一旦有了弗莱明这样的重大发现,负责提供经费的一方也会推动对这一类课题的深入研究。但是当时弗莱明的研究并没有什么科研机构在后面支持,他所在的圣玛丽医院本身并没有很多科研资源,弗莱明的发现又非常偶然,因此这样重大的发现在当时就被埋没了。第三个原因是最初使用青霉素治病的尝试并不成功,1930年,英国的谢菲尔德一家医院曾经试图使用青霉素治疗一种外部的细菌感染,但是失败了,因此人们对这种物质药性颇为怀疑。美国农业部其实也在1930年从弗莱明那里要来了一些青霉菌,提供给美国感兴趣的科学家进行研究,但是只有很少的科学家感兴趣,而这些人实验的结果也是时好时坏,证实不了青霉素的效果。在科学史上,经常出现这样一些情况,一些好的方法或者发明尽管在理论上没有问题,但是在实现时因为条件的制约,因此一开始可能显现不出它应有的效果。比如在我所熟悉的机器学习领域,一些方法比如最大熵方法,虽然从理论上讲非常好,但是如果计算机的计算能力不够,它的准确性就表现不出来,因此很多最早期的论文甚至都是讲这种方法的准确性值得怀疑。甚至到了某次学术会议上库旦普博士和我向大家证明了这种机器学习方法的效果时,那次会议上依然有一些学者在宣读试验结果相反的论文,这并非他们的工作有什么做出,只是他们当时的实验条件不够好而已。类似地,医学界最初认为青霉素无效,其实也是因为条件不具备----当时的青霉素剂量低的可怜。
青霉素最初不受重视还有一个原因,就是当时德国人发明了另一种广谱抗菌的药品----磺胺类药,并且有著名的拜耳公司生产,开始在全世界普及了。1939年,德国著名的细菌学家和药学家格哈德∙多马克(GerhardDomagk,1895-1964)还因此获得了诺贝尔医学奖。事实上直到二战初期,世界上主流的抗菌素都是磺胺类药品,而非青霉素。
由于纳粹政府的强迫,多马克拒绝领奖,并因此被盖世太保逮捕。1947年,多马克才正式接受了诺贝尔奖。

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