在唐代，灵石寺最盛时僧众达2000多人，田地千亩，山林万亩，形成寺院大地主经济。

明万历初年，殿宇圮毁。此时性麟禅师率徒众入寺经营，稍复清规。明万历四十三年(1615年)性麟募缘，寺院有所修复。是时叶向高过访寺庙并赠诗《灵石访同我禅师》。明代少司空何乔远说：“相国遗诗尚可寻，山僧藉此镇祗林。”给复兴寺庙以很大支持。性麟离世后，其上首弟子曹源继主法席， [1]  重建法堂，请方册大藏经，内勤禅戒，外严道场，“诸徒子皆能仰遵遗范，克肖前懿”，灵石寺又恢复了生机。

民国21年寺庙遭土匪抢劫，僧众星散，寺庙荒废。民国30年，福州地藏寺尼姑性慈、德钦率众尼到寺开荒和整修寺院，此后遂为女尼丛林。民国34年抗日战争胜利后，灵石寺仍由性慈尼姑住持。

共和国成立后，1953年，灵石寺有18名尼姑，土地40多亩，雇工2人耕种。1964年灵石山建立的林业垦殖场，与灵石寺签定协议，保护禅寺，负责寺中尼姑的生活、福利待遇，包括老弱尼姑照顾、护理、医药费、埋葬费等责任。1988年该寺有僧尼12名，居士15名。