现在发高分文章都会用到ChIP，要做好此技术并非是件简单的事情，尤其是在引物设计上。以下是帮大家收集的平时做ChIP时的一些方法，大家可供参考一下，如上海周边同仁有需要此技术实验的，可以找本实验室代做，不过得提前预约！

问：染色质免疫沉淀 分离出来的DNA序列怎么设计引物PCR扩增啊，要测序码，怎么知道转录因子结合的序列？

  答：根据你目的基因的某一段序列设计引物，普通引物就可以，然后用ChIP拉下来的作为模版，如果扩到了就说明有结合，当然了，如果想得到确切结论一定要设置好阴性对照和阳性对照才可以至于怎么知道转录因子结合的序列，如果没人做过，没有文献支持，那是需要预测的。

  问：CHIP拉下来的序列是转录因子结合的目的基因启动子序列,在引物设计的时候是要尽可能在目的基因的启动子区域内设计吗?请简单说一下.还有什么软件可预测这个,能告诉大家常用的一个吗？

  答：最好是针对启动子区域去设计；染色体免疫共沉淀（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）是基于体内分析发展起来的方法，也称结合位点分析法，在过去十年已经成为表观遗传信息研究的主要方法。这项技术帮助研究者判断在细胞核中基因组的某一特定位置会出现何种组蛋白修饰。

以下是ChIP引物设计步骤：
1、ChIP检测的是转录因子与基因启动子区的结合情况，因此引物设计要选择目的基因启动子区

，ChIP试验中启动子区一般选在转录起始位点上游1000bp的DNA片段（或者为了保险些选在2000bp）

，因为一般情况下，转录因子结合在这个区域，当然也有结合在更上游，或者有的文献报道在转录起

始位点下游也有结合，我们就不能一一考虑这些有点特殊的情况了，我实验的时候选择的是转录起始

位点上游2000bp的片段
2、引物设计原则跟普通的引物相同，但是，超声后DNA被打断，所以PCR产物要尽量短一些，100

多bp就足够了，因为产物长度越长，这段DNA被打断的可能性就越大，P出来的可能性就越小