日本新干线是世界闻名的，它的好处不仅在于速度快，在舒适程度和安全性上也是保持世界领先水准。新干线的发车和到达时间都是精确到秒的。新干线的作为分为自由席和制定席，制定席是对号入座的，也就是说座位是有保障的，在新干线运输高峰期，自由席往往爆满，人们只好站在过道里。新干线的座位十分舒适宽敞，行驶过程中没有任何颠簸，让人感觉身轻如燕。
3•11大地震使得日本的铁道遭遇重创，现在修复工程仍在继续。在大地震发生时，行驶中的新干线车辆没有出现脱轨情况，日本新干线“安全神话”仍然保住了。东日本大地震发生时的11日下午2点46分，行驶中的“疾风”等新干线因为检测到地震的初期微动（P波），在大地震的剧烈摇晃到来之前就开始了停车的准备，全速行驶的新干线时速275公里，到停止为止的必要的制动距离为4公里。如果无法提前控制速度，在地震发生时很有可能导致发生脱轨这样的大事故。在这次大地震的最初的摇晃发生9秒之前，最大的震动发生1分10秒之前，新干线就已经开始减速了。
实际上，在2004年发生的新泻中越地震中，上越新干线曾经发生8节车厢脱轨事故，虽然没有人员受伤，也使得人们对新干线的“安全神话”产生了疑问，引发了铁道部门的反省。在这次的东日本大地震中，东北新干线全部实现安全停车，ＪＲ东日本铁道会社在太平洋沿岸和新干线铁道沿线的岩手县宫古河、宫城县的牡鹿半岛上设置了9个地震初期微动检测设备。变电所得到地震微动信号后，就马上停止向新干线送电，紧急刹车装置自动启动，得到新干线自动停车。不仅是地震，铁道路基一旦出现异常，如凹凸不平等，新干线亦会自动停车。
地震发生后8个小时的晚上11点，经过点检发现，11辆载着乘客运行的新干线无一脱轨。据ＪＲ东日本铁道会社透露，在2004年中越地震以后，新干线技术部门致力于缩短从地震的初期微动检测到进入停车程序的时间，经过努力，开发了比起原先的设备速度快1秒的停车系统，到2009年，东北新干线全部导入了这一系统。也许就是这一秒使得新干线在大地震中安然无恙，日本新干线得以保持“安全神话”不破。
但是，在这次大地震中，铁道设施损失较大，线路和高架桥等约1100处受损，车辆和高架桥断线470处。
1970年，日本颁布了《全国新干线铁道整备法》，据这一法律来统筹全国的新干线铁道网络。新干线从1964年10月1日开始运行以来，46年来没有发生过死亡事故。
为了新干线的安全运行，日本在方方面面下了很多功夫。如新干线铁道全部不设置道口，避免了与汽车发生冲突。新干线全线路上没有红绿灯，这样就保持了畅通无阻。《新干线特例法》对于各种妨碍新干线运行的行为做出了严厉的处罚规定。日本人在电车铁道跳轨自杀的颇多，但是在新干线车道上自杀的是没有的，因为新干线的铁道在靠近车站处都设有安全栅栏。笔者家附近就有个车站，新干线从这里通过，新干线铁轨和其他电车的车道是完全隔离开的，是封闭的。所以，在城市中看到的新干线似乎是被“包”起来了，而且一闪而过，只有在农村，才能看到“开放”的新干线，从广阔的田野边、大江边飞驰而过。
日本新干线还有多项安全保障措施，“防止脱轨装置”就是其中的一项。这种防止脱轨装置安装在新干线路基的两条铁轨之间，一旦发生地震或其他灾害时，逸脱的车轮将会被这种装置控制住，防止列车脱轨和颠覆。在新干线车上和车外控制室里都装着列车自动制御装置(ATC)，在驾驶室内，时刻看得到运行指示（如可容许的速度范围），若超速可自动刹车。因为新干线高速运行，要看地上的信号来驾驶的话是很难的。人们通过控制驾驶指令所的列车制御装置(CTC)，就能够掌握所有新干线的运行状况。现在新干线已经采用新的管理系统(PTC)，实现了完全电脑系统自动化管理方式，操作要点、信号控制，车站自动广播及至车辆的管理整备、运输障碍时的时间表修正等，全部实现了自动化管理。
1992年，一普通列车因遇到突如其来的飓风袭击而发生出轨事故，新干线管理部门引以为戒，在各主要路段或风口设置了气象预报监控系统。一旦附近地区出现飓风等异常天气，这一系统就会及时发出信号，控制中心随后就能立即下达新干线减速运行的命令。
新干线的信号设备、通信设备、电力设备等都要定期检查，天天维护。新干线铁道上还开着电气轨道综合实验车，这种车辆是用来测定轨道的变化情况的，适时而制定相应的改良措施，让轨道一直保持良好的状态。日本的铁道会社特别注重从业员的安全意识教育，一度行驶中的新干线列车上出现打盹的驾驶员，用手机拍照的驾驶员，被发现后，媒体广泛曝光，舆论哗然，驾驶员无疑丢了饭碗。