对于部分颅骨粉碎凹陷性骨折的病人，由于颅骨粉碎严重而不能复位，只得去除；

对于开放性颅骨骨折，如果局部颅骨污染，可能引发感染时，也需去除；

对于部分重型颅脑损伤的患者，由于脑挫裂伤、颅内血肿等造成脑组织受压、脑组织缺血缺氧严重，广泛脑水肿、脑肿胀导致恶性高颅压危及生命。为了缓解颅内高压，全力挽救病人生命，医生会在手术中去除部分颅骨和（或）受损的部分脑组织以达到减压的目的，这样手术后就遗留下了颅骨缺损。