循证医学是以结论提供的一个实际的例证，得到了医药界的极大关注和广泛应用，虽然它有科学、正确、积极的一面，但也存在着某些局限与争议，存在问题包括：技术可靠性、道德允许性、社会实施性。

一．技术可靠行：1 ．设计缺陷  因不同的临床试验设计的科学性和规模不一致，故所获证据的可靠性程度不相同； 2．不可测量的结果  EBM存在的第一个问题是很多重要的治疗后果不能被测定。大规模、随机对照试验本身存在一定缺陷。如观察时间不够；常常不是安慰剂对照，效益容易被低估；治疗组常选自患者中危险性较低的人群。EBM为作出一个均衡的决定，必须将某种行为可能产生的全部后果均考虑在内，但目前的方法尚不能充分测定某些治疗（例如疼痛）的结果；某些指标（例如公正）是不可测量的；而一些复杂的结果（例如生活质量）甚至不能被适当地定义。对于EBM却常需将无形的价值(例如公正或生活质量)与能简单量化的价值(例如费用和死亡率)相权衡。 3．不能随机对照试验   某些研究（如临床中许多预防而非治疗的研究）很难提供满意的背景，不可能进行随机对照试验。如某些非随机的对照试验的研究，如青霉素、胰岛素刚开始报告时，其价值就可能被循证医学所否定或忽视。  4．试验意外   即使良好的随机对照本身也有不足，如观察时间不够，常非安慰剂对照，观察对象的局限性，效益易被低估，除死亡及重要心脑血管事件外，其他临床效益未被列人观察（如减少致残、防止疾病进展、生活质量的改善等）; 5 ．回答的问题有限   目前的临床试验仅仅解决了临床实践中大量问题的很小一部分，临床中许多疾病的治疗研究未被纳人荟萃分析，许多疾病的治疗研究尚无定论或互相矛盾，而且临床试验耗资大、时间长，因此临床试验尚有很多灰区，即有不明确的问题存在，对此临床仍根据现存的基础、临床研究及一些个体经验进行；6. 使用证据的缺陷   临床试验看来是做出临床决策的最好基础。但是，对受试对象与将要运用试验结果的人群加以比较，但这并不是必需的。因为某个试验的最后结果代表的是其平均作用，即使在受试人群中某些人的改善程度高于平均水平，而对其他人的害处却相对更多。由此可见，草率地将试验结果应用于人群，即使平均益处比害处多，并不意味着某些患者受到的损害就比较少。7．不能盲目推广  不同的临床实验中，人选和排除标准限于针对一些疾病的特点（如年龄、性别、种族、国家等），不能盲目推广到所有病人，并且在研究人群中．不同的亚组之间不尽相同，应具体分析； 8.在有争论的观点中作出选择   在不同利益持有者有争议的观点之间，做出决定性的选择有时是困难的。EBM对专家意见权威性质量等级的评价，但在大多数情况下，仍然由医生决定研究对象、分析研究资料、使用研究结果。许多评论员要求消费者更多地参与研究事项的制定，但尚不清楚应如何解决在研究事项中持不同利益者间的争议。循证医学不可能涉及政治问题，因为不同利益持有者的价值观和解释证据采用的方式，并不总能协调一致。

二. 道德允许性： 1. 与公共道德的分歧  第一个问题是可能引发一些不符合公共道德规范的行为。EBM评估干预的唯一方式是证据的有效性。在进行荟萃分析时，研究者将尽可能地收集所有可能获取的资料，如果在方法学上可靠，甚至可使用未发表的资料。但来源就可能是采用不道德方式进行的研究，未发表的研究结果也可能不符合出版者要求的伦理规范。例如，1990年柳叶刀杂志上发表的GISSI-2试验，未要求试验对象签署知情同意书，但该研究仍被广泛地引用，并包含在很多荟萃分析中。 2．收集证据的道德   EBM更强调某些形式的证据的价值，将随机对照试验的结果置于非常重要的地位。例如，来自随机对照试验者定义为“I级”，源于非随机对照试验者定义为 “II级”，源于权威当局的意见定义为“III级”。随机对照试验具有证实有效治疗方案的价值，防止无效治疗方法传播的作用。这种试验会引起大量伦理道德问题，包括：受试者的选择、受试者的知情同意、随机化、停止试验的方式以及完成试验后对受试者的继续治疗。进行随机对照试验，要求医生和患者成为以下几种性质不同的角色——医生不仅是医生，同时也是研究者，患者不仅是患者，同时也是研究受试者。有人指出，医生对患者道义上的责任与要求患者参加随机对照试验的建议是不相符合的，因为二者之间存在利益冲突。因此，伦理道德限制了研究者对实验方案的选择，出于伦理学的需要，有可能禁止收集某些“I 级”和“II级”证据。

三. 社会实施性： 1.  虽然循证医学将会大大提高医疗卫生服务的质量和效率，但它并不能解决所有与人类健康有关的问题，如社会、自然或环境问题；2.  建立有效的产生、总结、传播和利用医疗证据的体系，需要花费一定的资源，虽然从长远看，循证医学会降低医疗费用，但其不能确保在每一个具体的阶段性治疗措施中一定更廉价；3.  应用循证医学实践得出的结论指导医疗卫生决策，为病人提供服务时可能会遇到各种各样的障碍，如地理上的、组织方面的、传统习惯性的、法律和行为方面的因素等，致使一项有效的防治措施可能根本无法推行，或根本不被病人接受。即使现在可以推行的措施，由于受诊断方法和水平，医生的水平和积极性，病人的依从性等因素的影响，可能还是不能达到预期的效果；4.  医疗卫生决策并不是一个简单的科学问题，在资源有限的状况下，它又是一个经济和伦理问题。对于一个人来说，他不可能将他拥有的所有财产都用于医治疾病和提高健康，还必须考虑生活的其他需要。如何分配资源是一个个人价值取向的问题。同理，一个国家和地区的医疗卫生资源也是有限的，一个病人使用了一项昂贵的检查或治疗，意味着很多其他病人可能失去了诊治的机会。决策者必须兼顾个人和社会利益，在经济和伦理原则面前，往往科学证据也不得不做一定的让步。

因此只有将临床医生的专业知识、临床经验和循证医学的最新证据相结合，才能形成“有权威性的科学”。而且必须强调的是循证医学只能作为一种方法学和标准，决不能代替传统的基础训练与学习。