用于基因型填充的软件分为两类：一类是填补每个缺失基因型的时候考虑所有分型位点，这类的软件有Imputev1、ImputeV2、FastPHASE、MACH 、BIMBAM；另一类是填补时只考虑基因型缺失位点附近的一些已分型的位点，这类软件包括：PLINK、TUNG、WAHP、BEAGKE。

            基因型填补（genotype imputation）是一种基于观察对象已有基因型，对未进行基因分型（genotyping）的位点之等位基因（allele）进行预测的方法。填补能增加GWAS中SNP的密度，使得在已经发现的关联性位点周围寻找疾病位点成为可能，同时也能提高对采用了不合适的标签（tagger）SNP进行标记的SNP的检验效能。

            基因型填充是在SNP过滤前还是，大家可以参考以下文章：

Southam L, Panoutsopoulou K, Rayner N W, et al. The effect of genome-wide association scan quality control on imputation outcome for common variants[J]. European Journal of Human Genetics, 2011, 19(5): 610-614.

            这篇文章的结论是前后都可以。杂志影响因子：4.58

            基因型填充工具，这里推荐：Beagle目前版本4.1输入与输出都为：vcf。

（http://faculty.washington.edu/browning/beagle/beagle.html）使用简单：