至元十三年，安西王颁降令旨，将西蜀道教纳入祖庭掌控。全真教借此令旨，正式将西蜀纳入管辖范围，对于全真教向西南地区的发展意义重大，同时，此举对于祖庭势力的扩张无疑也有着直接的推动作用。在此之前，祖庭作为西北地区全真教中心，其统辖范围只限于陕西、兴元等路。曾任安西王府文学的姚燧撰《洞观普济圆明真人高君道行碑》述此事：“丙子，天后、皇子安西王，各锡黄金云罗冠服一被，教令又益以西蜀道教，犹仍圆明，第易‘知常抱德’为‘洞观普济’，尊师为真人。” 天后和安西王各赐高道宽黄金、云罗冠服一被，并加赐高道宽尊号为“洞观普济圆明真人”。文中提到的天后当即世祖忽必烈的昭睿顺圣皇后。此事亦见于李道谦《终南山祖庭仙真内传》的记载。由此可证明安西王对于其镇守区的宗教事务确实具有很大的处置权。

金元时期，四川全真道士于本地区少有记载，而多见于川外其他地区。盖因全真初创，未成大气候，蜀地地理形势较封闭，此时又战乱频仍。传入四川的全真道士凤毛麟角。另一方面，四川地区自东汉张天师创天师道以来，主要是正一道的活动基地。全真道士只能云游山林，隐逸修道。蜀人出家为全真道士，有明确记载的是在邻近的秦陇地区。据元世祖至元十二年（1275年）普慈磐溪子所记，本师自然子冯某某等立石的《重修北极宫碑》，略录如下：“有武信军蓬溪县谢先生者，因丙申蜀难，漂泊陇西临洮间，见时世未宁，遂舍俗出家，后礼自然子为师，……见大军经过处，横尸满路，在在暴骨，动怵惕恻隐之心。自陇西临洮诸洲，遍巡道路原野，身负畚锸，掩骼埋?，十有八年，不知几千人矣。”为亡者收尸，属于金元间全真道士的举动。

根据孙德彧的史料记载，孙德彧（1243～1321）字用章，眉山人。因战乱丧亲，六岁寄养终南重阳宫，十岁着道士服，先以穆真人，后以李道谦为师。可见早有蜀人流落至陕西托庇于祖庭者。

据《兖州府志》载“杨道真，元时人也，尝仕宋为攸县尹。偶有所悟，即解印绶，弃妻子为道士。游蜀最久。”文中提及他是元人，而曾仕宋，据此推测他入道当在蒙宋对抗时期。峄山在山东邹县，属于全真道活动区域，而云游四方也是全真道士的特征。由此可推测，杨道真当为全真道士。而“游蜀最久”，表明全真道在蒙元间已经传入四川。不过，影响并不大，零星传教而已。

但全真教与西蜀的联络，至迟在宪宗时已经开始。祖庭重阳宫地近宋蒙前线，祖庭高道如何道宁等一直倾向与南宋保持友好，宪宗二年，就出现祖庭道众与蜀人相通的情况：

“壬子（1252）冬，是时西蜀未全归附，一妄人诬告道众与蜀人相通，有司率兵，大加按治，道众骇散。明年夏四月，圣天子（忽必烈）在藩邸，行宫六盘，师（綦志远）往谒见，以实哀诉，蒙降玺书抚慰，始安。”

考《新元史》卷六《宪宗本纪》，宪宗二年八月，“是月，忽必烈次临洮，请城利州，以为取蜀根本”。次年，宪宗又大封同姓，忽必烈得京兆分地，遂有行宫六盘之举。忽必烈于宪宗二年旧历八月来到临洮，次年又因封得陕西为分地，故驻扎六盘山。而全真教祖庭重阳万寿宫正位于陕西境内（今属陕西户县），正属忽必烈分地。因此，有司率兵按治很可能就是出自忽必烈之命。因此时任陕右地区全真教教门提点的綦志远才会将“全真教通蜀”一案，提请他来裁断。至于宪宗蒙哥此时尚在火儿忽纳要不儿之地，与陕西相去甚远。

当然，从忽必烈对“祖庭通蜀”案的处理看，他对全真教的态度还是比较友善的，又拉又打，政治手腕纯熟。

按宪宗三年祖庭的提点为綦志远，因为前任于善庆（洞真）已于海迷失二年仙逝。据李庭《玄门弘教白云真人綦公本行碑》，忽必烈还曾于宪宗三年遣使脱欢驰驿谕旨，待綦志远以师礼。考关中地区自金朝时，一直是全真教传布的中心地区之一，綦志远执掌陕西全真教曾得到宪宗玺书的确认。忽必烈尊崇綦志远可能是为了取得分地中全真教势力的支持。

到元世祖至元年间，至元九年（1272），忽必烈将他的第三个儿子忙哥剌封为安西王，镇守唐兀之地。第二年“诏安西王益封秦王，别赐金印，其府在长安者为安西，在六盘者为开城，皆听为宫邸”。明确了忙哥剌的统辖范围。《元史·地理志三》记载：“皇子安西王分治秦、蜀，遂立开成府，仍视上都，号为上路。”也就是说，在至元十一年（1274），世祖忽必烈已经将蜀地划归安西王管理。

至元十三年（1276）秋七月，“安西王颁降玺书，益以西蜀道教并付掌管”。天后（忽必烈正妻察必皇后、忙哥剌生母）、忙哥剌，各赐黄金云罗冠服一被。忙哥剌令高道宽在管领京兆道教的基础上，“益以西蜀道教”，即扩大了高道宽的教权管辖区域。这与安西王出镇的势力范围相一致。这就是高道宽能够掌管西蜀道教的缘由所在。

朱象先《古楼观紫云衍庆集》中说：“近代全真教启，玄风大扇，东尽海，西迈蜀，南逾江汉，北际大漠，莫不家奉人敬，从风而靡，自昔道化之行，未有如是翕然之盛也。”文中所指“近代”即指蒙元初。

而就在全真教正式管辖西蜀之时，世祖至元十三年（1276），李居寿被任命为太一掌教宗师，并赐宗师印绶。

李居寿，卫州汲县西晋裏(今属河南省)人。《秋涧集》卷四七《居寿行状》记载，居寿自幼喜道学，年十三，从师太一道四祖萧辅道。及长，受戒为道士，命典符籙科戒道职。元世祖居潜邸，召萧辅道，辅道荐居寿才识明敏，请传嗣为太一道五祖，乃赐改李姓为萧，赐号“贞常大师”，授紫衣一袭。通《三式》、《易传》、《皇极》之学。其於太一道嗣挈纲领，持守成规，宏展道纪，信徒甚众。中统建元(1260)春正月，奉诏于本宫设黄籙大醮。秋九月，又奉谕祈祓金籙醮筵，赐号“太一演化贞常真人”。二年(1261)冬，上命祭斗於厚载门。至元三年(1266)赐宅一所。十一年(1274)特旨创太一广福万寿宫於两京，建斋坛，领祠事，且禋祀六丁，以继太保刘秉忠之术。十三年(1276)赐太一掌教宗师印，掌管道教事。十六年十月辛丑，月直元辰，敕居寿祠醮，奏赤章于天，凡五昼夜。事毕，居寿请间曰：“皇太子春秋鼎盛，宜参预国政。”且又因典瑞董文忠以为言，世祖喜曰：“行将及之。”其后诏太子参决朝政，庶事皆先启后闻者，盖居寿为之先也。十七年卒于西堂方丈。归葬卫州汲县四门村祖茔。弟子李全祐後为六代祖。事迹见《元史·世祖纪》、《元史·释老传》等。

同年，正一派教主天师入朝。