科学家对肠道微生物的研究始于大肠杆菌、双歧杆菌等常见肠道细菌的发现和对其生理功能的探索。早在1886年，就有学者发现了大肠杆菌及其对消化的作用用。1907年，Metchnikoff提出著名的“梅氏假说”，认为“酸奶长寿”，乳酸菌能抑制肠道腐败菌生长。1965年，Dubos等人发表了大鼠胃部冷冻组织显微图像，图中显示许多杆状或球状的细菌附着于胃黏膜上，第一次获得了肠道微生物存在于胃肠道粘膜中的显微图像。随后逐步出现了对肠道微生物与人体健康的关系的初步探索，1992年Bocci提出肠道微生物菌群有着如同虚拟器官一样的代谢功能，认为其是“被忽略的人体器官”研究者们逐步意识到肠道微生物作为一个整体对宿主肠道的重要性。

20世纪末，分子生物学理论逐渐丰富，许多基于分子生物学理论的研究手段应运而生并进入飞速发展时期。更多的分子研究手段被应用至肠道微生物的研究，为进一步探索其组成、功能提供了可能。得益于寡肽探针、末端限制性长度多态性分析（T-RFLP）、变性梯度凝胶电泳（DGGE）、温度梯度凝胶电泳（TGGE）及实时定量PCR等手段，肠道微生物的多态性分析及定性定量研究取得了重大突破。另一方面，随着模式动物、基因工程动物的开发，出现了更多基于动物模型的肠道微生物生理功能研究。

近年来，随着第二代高通量测序手段的成熟，组学思想成为热点。宏基因组、宏转录组、代谢组等组学技术逐渐被应用于肠道微生物的研究中，为深入阐明其结构和功能提供了基础。2007年底，美国国立卫生研究院（NIH）投入1.15亿美元，正式启动的“人类微生物组计划”（Human MicrobiomeProject），随后各国纷纷为微生物组学的研究设立了专项计划，对肠道微生物的重视达到了空前高度。2008年4月，欧盟宣布启动肠道元基因组第七框架项目（MetaHIT），耗资约2770万美元，深圳华大基因研究院作为唯一的非欧盟国家的科研单位加入其中。亚洲乳酸菌学会联盟也发起了“亚洲人肠道菌相与健康研究”计划，将对亚洲北京、首尔、新加坡等12个城市不同人群的肠道微生物组成展开系统的研究。在典型论文方面，肠道微生物研究被《Science》杂志评为2011年度十大科学突破之一，被《Nature Medicine》杂志评为2011年度八大生物医学研究进展之一；《Science》杂志于2012年上半年推出“肠道微生物群”专辑，而《Nature》杂志也在同年下半年推出“肠道微生物与健康”专辑。

如今，有关肠道菌群的研究仍在延续，科学家们期待能从繁复的庞大数据中找出与人体健康状况息息相关的菌群关联。从而能够让大家可以通过调节菌群结构来实现对慢性疾病的预防和治疗，让大家保持健康年轻的状态，这对我们的日常膳食指导具有非常积极的意义。