影响女性性功能障碍的生理因素包括慢性疾病、药物、神经损伤和盆腔手术等。已知的可引起性功能障碍的药物包括：抗组胺药、拟交感药、抗惊厥药、灭滴灵、胃复安、抗高血压药、抗雌激素药、抗雄激素药、烷化剂、抗副交感药、口服避孕药、滥用药物(包括抗抑郁药、安眠药、酒精、止痛药)， 其中SSRI 类抗抑郁药导致FSD 的研究较多。一些与血管、神经有关的疾病可以影响到性功能：比如糖尿病外周神经病变的病人常有性功能水平的下降；血管源性的病变可以造成阴道分泌的减少；脊髓病变的患者常有性高潮障碍。另外，性功能障碍还与性伴更换的频率、尿路感染病史、流产、青春期前有无性接触、性骚扰、自慰、情绪和压力、生活质量的好坏等有关。