加载中…对宏基因组的contig的注释工具
(2016-11-02 19:49:02)| 分类： 生物信息学 |
关键词：metagenomics\Contig\annotation
1:使用的工具CAT（https://github.com/DiegoCambuy/CAT）
2：参考文献：Cambuy
D D, Coutinho F H, Dutilh B E. Contig annotation tool CAT robustly
classifies assembled metagenomic contigs and long sequences[J].
bioRxiv, 2016: 072868.
3：该工具还需要diamond比对软件、Prodigal(https://github.com/hyattpd/prodigal/wiki/introduction)原核基因组预测软件
4：数据库支持：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/taxonomy/下的
gi_taxid_prot.dmp names.dmp
nodes.dmp
5：修改cat.py脚本中软件路径，例如：
path_to_prodigal="/allwegene1/work/fanyucai/software/Prodigal/prodigal.linux"
path_to_diamond="/allwegene1/work/fanyucai/software/diamond/diamond"
path_to_nr="/allwegene2/database/diamond_index/nr.dmnd"
path_to_contig_id="/allwegene1/work/fanyucai/software/CAT/CAT-master/CAT/bin/contig_id.py"
6：运行脚本：
python cat.py contigs.fa -p
5
p为线程数
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