（一）宏基因组起源

        说起宏基因组，J. Craig Venter这位怪蜀黍，在马尾藻海（Sargasso sea）捞了一桶水才开创了宏基因组测序时代。

http://biomics.idc154.bjhyn.cn/uploads/allimg/160517/1-16051GU629453.jpg 

Venter J C, Remington K, Heidelberg J F, et al. Environmental genome shotgun sequencing of the Sargasso Sea[J]. science, 2004, 304(5667): 66-74.

（二）人类肠道宏基因组

       接下来算是国人的骄傲了，华大基因领衔的人类肠道宏基因组时代。我想主要是华大当时一下买了100台Illumina,无以伦比的测序通量，我想也只有华大了。说起来这篇文章亮点真的不是特别足。

参考文献：

（三）牛的瘤胃宏基因组

       老外真正把宏基因组分析应用到工业生成中，试图从牛的瘤胃中找寻可以分解纤维的酶，最后通过宏基因组测序分析，并且通过后续实验就真正的到了真实的产物。这篇文章现实意义很强。另外从分析角度值得关注CAzyme数据库，从测序方面，为了尽可能保证宏基因组测序数据的准确 ，作者测序的文库：200 base pairs (bp), 300 bp, 3 kbp, and 5 kbp 

Hess M, Sczyrba A, Egan R, et al. Metagenomic discovery of biomass-degrading genes and genomes from cow rumen[J]. Science, 2011, 331(6016): 463-467.

（四）肠道型

      一群老外测了不同来源的人类肠道微生物，得出结论，不论按照国籍、性别，人类肠道聚类分析可以分成3类。给出了一个新的概念：肠道型。

Arumugam M, Raes J, Pelletier E, et al. Enterotypes of the human gut microbiome[J]. nature, 2011, 473(7346): 174-180.

（五）宏基因组与2型糖尿病

人类肠道宏基因组又一力作，开创了基于case-control模式下，寻找biomarker的时代。后续类似的文章还有肝硬化与克罗恩病的文章。

Qin J, Li Y, Cai Z, et al. A metagenome-wide association study of gut microbiota in type 2 diabetes[J]. Nature, 2012, 490(7418): 55-60.

（六）通过宏基因组挽救危重病人

     通过宏基因组挽救危重病人。文章发表在《新英格兰医学杂志》，将分析过程开发成工具发表在<<genome Reserach>>。

参考文献：

（七）宏基因组与PM2.5

       清华大学通过宏基因组研究方法来研究PM2.5。尽管数据分析和结论都没有什么可新鲜的。但是难的是从空气中获取微生物。这个实验过程发表在nature子刊上。

Cao C, Jiang W, Wang B, et al. Inhalable microorganisms in Beijing’s PM2. 5 and PM10 pollutants during a severe smog event[J]. Environmental science & technology, 2014, 48(3): 1499-1507.

Jiang W, Liang P, Wang B, et al. Optimized DNA extraction and metagenomic sequencing of airborne microbial communities[J]. Nature protocols, 2015, 10(5): 768-779.