加载中…基于MISA的SSR分析（遇到问题的解决）
(2016-05-15 19:23:07) | 分类： 软件安装 |
1：我用的primer3的版本：primer3-2.3.2
2:MISA下载地址：http://pgrc.ipk-gatersleben.de/misa/misa.html
3:p3_in.pl；p3_out.pl下载地址：http://pgrc.ipk-gatersleben.de/misa/primer3.html
4:运行代码：
share/work/biosoft/perl/perl-5.22.1/bin/perl
/share/work/fanyc/RNAseq_no_ref_pipeline/sub/p3_in.pl
unigene.fasta.misa unigene.fasta unigene.fasta.p3in
/share/work/biosoft/primer3/primer3-2.3.2/src/primer3_core
-default_version=1
-io_version=3 unigene.fasta.p3out
/share/work/biosoft/perl/perl-5.22.1/bin/perl
/share/work/fanyc/RNAseq_no_ref_pipeline/sub/p3_out.pl
unigene.fasta.p3out unigene.fasta.misa
另外代码中需要修改p3_out.pl中PRIMER_LEFT_0_SEQUENCE凡是涉及到0的把0都去掉。
5:其它参考：http://blog.sciencenet.cn/blog-803390-773530.html
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