加载中…宏转录组数据分析
(2015-01-20 16:14:39) | 分类： 微生物 |
本文的分析思路来自参考文献：
2015-Deciphering Metatranscriptomic Data
分析流程图如下：
分析的步骤基本上和宏基因组分析思路一致，就是在软件的使用上有所不同。一个样本物种组成，主要是采用提取测序数据中的rRNA序列使用的软件是：SortMeRNA
2:文献中2014-Comparison of assembly algorithms for improving rate of metatranscriptomic functional annotation 提到trinity组装效果要好于metavelvet\Oases\IDBA-MT,测序reads为76bp,拼接输出的最短contig为51bp
3:关于宏转录组的基因预测使用软件：TranGeneScan（2014-Gene finding in metatranscriptomic
sequences ），预测是基于组装后的结果，这里设置的预测编码基因的最小长度为120bp,测序长度100bp
4:关于家族分析可参考文献
2012-Generation and Analysis of a Mouse Intestinal Metatranscriptome through Illumina Based RNA-Sequencing，在这篇文献里使用了MCL软件（ http://micans.org/mcl/index.html?sec_description1）进行的聚类，其中使用blast多对多比对e<10-5,
inflation参数设置为2.6，在于COG比对的时候e设置为1e-3,注释Enzyme
classification主要是比对到swissprot数据库1e-10
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