1：关于bwa的比对学习(翻译自：http://bio-bwa.sourceforge.net/)

bwa分为三种比对方法分别为：BWA-backtrack(aln), BWA-SW(bwasw) and BWA-MEM(mem)如果你已经安装bwa查看运行帮助如下：

其中aln(适用Illumina短于:100bp的序列比对)剩下两种比较适用比较长的比对范围（70bp to 1Mbp）。Mem是比较新得算法速度快也比较精确但是受到很大质疑，在（70bp-100bp比对范围内mem优于aln）。

2：bwa比对由于样本量大的原因，需要使用nohup投递多个样本比对所以建议使用-f参数输出比对结果，这样可以导致比对不出错：

命令如下：

（比对）

nohup bwa aln -t 1 ./BWAIndex/genome.fa smple.fastq -f smple.sai &

（转化为sam格式）

nohup bwa samse -f sample.sam ./BWAIndex/genome.fa sample.sai sample.fastq&

（提取唯一比对结果）

samtools view -H sample.sam > header.sam

grep "XT:A:U" sample.sam | cat header.sam - | samtools view -Sb - > sample.bam

排序：

samtools sort sample.bam sample.sorted

建立index:

samtools index sample.sorted.bam

必须对bam文件进行默认情况下的排序后，才能进行index。否则会报错。建立索引后将产生后缀为.bai的文件，用于快速的随机处理。很多情况下需要有bai文件的存在，特别是显示序列比对情况下。

3：提取唯一比对结果：

如果一开始的输入文件是bam格式文件,请按照如下命令运行：

samtools view -H file.bam > header.sam

samtools view file.bam | grep "XT:A:U" | cat header.sam - | samtools view -Sb - > file.unique.bam

注意网上所示：

samtools view file.bam | grep "XT:A:U" > file.unique.bam（实际上还是sam格式的）

4:Bam=>sam

samtools view -h -o out.sam out.bam

sam=>Bam

samtools view -bS out.sam >out.bam