起源阶段
siRNA：通常是外源的，如病毒感染和人工插入的dsRNA被剪切后产生外源基因进入细胞（注：病毒入侵，或者是自身合成RNA中出现错误，细胞内就会产生双链RNA，来阻止这些异常基因的表达）。
miRNA：是内源性的，是一种非编码的RNA；由miRNA基因表达出最初的pri-miRNA分子。
成熟过程
siRNA：直接来源是长链的dsRNA（通常为外源）；经过Dicer酶切割形成双链siRNA,而且每个前体dsRNA能够被切割成不定数量的siRNA片段。
miRNA：在细胞核中转录的较大的pri-miRNA经由Drosha(一种RNAse Ⅲ酶)和Pasha（含有双链RNA结合区域）加工成为单链pre-miRNA；接着，发夹状、部分互补的pre-miRNA在细胞质中被Dicer*（一种RNAse Ⅲ酶）酶切割形成miRNA；在生物体中的表达具有时序性、保守性和组织特异性。
功能阶段
siRNA：它与RISC*（RNA诱导的沉默复合物，使用的AGO蛋白家族的成分为AGO2）结合，以RNAi途径行使功能，即通过与序列互补的靶标mRNA完全结合（与编码区结合），从而降解mRNA以达到抑制蛋白质翻译的目的；它通常用于沉默外源病毒、转座子活性。
miRNA:它和RISC形成复合体(利用的AGO蛋白家族成员为AGO1)后与靶标mRNA通常发生不完全结合，并且结合的位点是mRNA的非编码区的3’端；它不会降解靶标mRNA，而只是阻止mRNA的翻译； miRNA能够调节与生长发育有关的基因。