siRNA产品使用说明
(2011-06-15 15:38:23)
标签:
使用方法细胞实验sirna细胞培养杂谈 |
分类: siRNA |
产品简介
常规化学合成siRNA为21-25nt的双链小分子RNA,即用型。
运输与保存
产品一般以冻干粉的形式常温运输。收到产品后,请于 -20℃~-80℃保存,冻干粉可以稳定保存一年以上。使用前请用灭菌的RNase-free H2O或者灭菌的ddH2O,配制成20μM溶液,建议分装保存,避免反复冻融 (尽量不要超过5次)。如需要长期保存,产品请以冻干粉形式保存。
表1
siRNA(nmol) |
0.25 |
0.5 |
1 |
2 |
5 |
20 |
溶解体积(μl) |
12.5 |
25 |
50 |
100 |
250 |
1000 |
注:如需进行筛选试验,可选择以96孔板密封的冻干粉或液体形式提供的siR-RiboTM siRNA Library
使用方法
产品已经经过纯化、退火等处理,只要用灭菌的ddH2O或RNase-free water溶解即可直接转染细胞或供动物实验使用。为避免外界因素(包括酶,极端pH或者温度条件等)导致产品降解,所有操作请严格遵循RNA操作规则。实验过程中,产品最好于冰上放置,使用完毕后请于-20℃~-80℃小心保存。
细胞实验
为了降低因细胞密度、试剂用量,转染效率等因素导致的孔间差异,保证实验的可靠性和可重复性,一般建议:
a. 每次转染实验时,每个转染样品至少设置3个复孔;
b. 接种细胞时,尽量接种相同或相近数量的细胞于细胞培养板,使细胞在各孔的表面均匀分布。
1. 转染浓度:
最佳转染效率一般设置时间曲线和浓度梯度进行测试,推荐初始的转染时间为6h,转染后检测的时间为24-72h,初始转染浓度是50nM,可视具体情况优化,建议优化转染浓度梯度为100nM,50nM,30nM,20nM,10nM
(表2)。
2. 转染步骤:以lipofectamineTM 2000(简称lipo2000) 转染siRNA于24孔细胞培养板为例,其他规格容器转染请参考表2。
1)
2)
a.
b.
c.
注:稀释好的lipo2000长时间放置可能导致转染试剂活性的降低,应尽量在25min之内与稀释好的siRNA混合。混合试剂请勿剧烈吹打或振荡,手指轻弹管壁即可,过度用力可能会破坏试剂中脂质体结构及siRNA-lipo2000混合物的形成。
3)
4)
表2
V1:完全或不完全培养基;v2: Opti-MEM® I (无血清、无抗生素,转染专用)
|
每孔中总体积(v1+v2+v2) |
终浓度 |
siRNA |
lipo2000 |
DNA共转染† |
96-well |
100μl (50μl+25μl+25μl) |
100nM |
0.5μl |
0.25μl |
10-100ng |
|
100μl (50μl+25μl+25μl) |
50nM |
0.25μl |
0.25μl |
10-100ng |
|
100μl (50μl+25μl+25μl) |
30nM |
0.15μl |
0.25μl |
10-100ng |
|
100μl (50μl+25μl+25μl) |
20nM |
0.1μl |
0.25μl |
10-100ng |
|
100μl (50μl+25μl+25μl) |
10nM |
0.05μl |
0.25μl |
10-100ng |
24-well |
500μl (400μl+50μl+50μl) |
100nM |
2.5μl |
1μl |
100-200ng |
* |
500μl (400μl+50μl+50μl) |
50nM |
1.25μl |
1μl |
100-200ng |
|
500μl (400μl+50μl+50μl) |
30nM |
0.75μl |
1μl |
100-200ng |
|
500μl (400μl+50μl+50μl) |
20nM |
0.5μl |
1μl |
100-200ng |
|
500μl (400μl+50μl+50μl) |
10nM |
0.25μl |
1μl |
100-200ng |
12-well |
1mL (800μl+100μl+100μl) |
100nM |
5μl |
2μl |
200-400ng |
|
1mL (800μl+100μl+100μl) |
50nM |
2.5μl |
2μl |
200-400ng |
|
1mL (800μl+100μl+100μl) |
30nM |
1.5μl |
2μl |
200-400ng |
|
1mL (800μl+100μl+100μl) |
20nM |
1μl |
2μl |
200-400ng |
|
1mL (800μl+100μl+100μl) |
10nM |
0.5μl |
2μl |
200-400ng |
6-well |
2mL (1500μl+250μl+250μl) |
100nM |
10μl |
5μl |
500-1000ng |
|
2mL (1500μl+250μl+250μl) |
50nM |
5μl |
5μl |
500-1000ng |
|
2mL (1500μl+250μl+250μl) |
30nM |
3μl |
5μl |
500-1000ng |
|
2mL (1500μl+250μl+250μl) |
20nM |
2μl |
5μl |
500-1000ng |
|
2mL (1500μl+250μl+250μl) |
10nM |
1μl |
5μl |
500-1000ng |
*:实验参考用量示例;当实验涉及DNA共转时参考
3. 效果检测:
转染完成后24~72小时均可进行siRNA沉默效果检测,最佳检测时间与使用的细胞类型有关,可通过分时检测来优化。
1) mRNA 水平的检测:mRNA是检测siRNA沉默效率的最好指标,一般来说siRNA转染后24~72h即可以检测到靶mRNA水平明显降低,检测方法一般采用Real-time PCR定量检测(引物设计质量很重要)。
2) 蛋白水平的检测:蛋白水平的检测通常需要借助抗体或报告基因系统检测。检测手段有Western-blot、免疫组化等。检测时间受细胞内蛋白质表达量、蛋白质本身的半衰期等因素的影响,一般为48~96h,甚至更长时间之后多点采样。
3)功能筛选:应用EdU细胞增殖、EdUTP细胞凋亡等检测试剂盒进行siRNA对细胞功能的直接筛选。
动物实验
动物模型:根据实验需要选择合适的动物模型,以小鼠最为常用,用量较小(表3)。
修饰方式:由于动物实验对siRNA稳定性的要求较高,尽管未修饰的siRNA也可以进行动物实验,但是以Chol,OMe,PS修饰的siRNA最为常用,效果较好。
给药方式:静脉给药:适合心、肝、肾、肺、原位瘤等血流丰富的组织器官;呼吸道给药:适合呼吸系统;腹腔给药:适合腹腔和盆腔内脏器,胰、脾、肾、卵巢等;颅内给药:脑部,适合中枢神研究;局部给药:眼、皮肤、子宫腔、阴道、移植瘤等。
效果检测 :锐博生物提供标记有Cy3、Cy5的siRNA可以进行实时观测药物分布,其他效果检测应根据实验目的进行设置。
表3 动物siRNA实验使用方法参考 *: 更多信息请点击www.siRNA.cn/siRNA/invivo.aspx
Reference |
Animals |
Tissue |
Gene |
Modification |
Doses |
Dosing Frequency |
|
Mice |
Tumor |
|
-Chol,-OMe,-PS |
1 nmol |
Twice/week,4 weeks |
Höbel S ,et al. J Gene Med 2010 |
Mice |
VEGF |
-F,-OMe,-PS |
1.3 μg |
Day 0 |
|
M. DiFiglia, et al. PNAS. 2007 |
Mice |
Brain |
Htt |
-Chol,-OMe,-PS |
1 nmol |
Day 0 |
Wang H,et al.J Biol Chem. 2008 |
Mice |
SOD1 |
-F,-HS |
4 µg |
Continuous 28 days |
|
Lewis J, et al. Mol Neurodegener. 2008 |
Mice |
SNCA |
-OMe,-PS |
180 nmol |
Continuous 15 days |
|
Xiong SQ, et al. Ophthalmologica. 2009 |
Mice |
Eye |
EPO |
None |
5 µg |
Day 0 |
Kleinman ME,et al. Nature. 2008 |
Mice |
VEGF |
-Chol,-OMe |
1 μg |
Day 0 |
|
LI Xi, et al. Chinese Journal of Pathophysiology.2008 |
Rat |
Liver |
Fas |
None |
40 nmol |
Day 0 |
Soutschek J,et al. Nature. 2004 |
Mice |
apoB |
-Chol,-OMe,-PS |
1.25 mg |
Continuous 3 days |
|
Zimmermann TS, et al. Nature. 2006 |
Monkey |
apoB |
-OMe,-PS |
~15mg |
Day 0 |
|
Tompkins SM,et al. PNAS. 2004 |
Mice |
Breath |
Influenza |
None |
20 µg |
Day 0 |
Rosas-T,et al. Am J Respir Cell Mol Biol. 2009 |
Mice |
XCL1 |
None |
10-15 µg |
Day 0 |
|
Yuan H,et al. Am J Physiol Renal Physiol. 2008 |
Mice |
Kidney |
Alox15 |
-Chol,-OMe,-PS |
400 µg |
Continuous 7 weeks |
Gonzalez-Gonzalez E,et al. Gene Ther. 2009 |
Mice |
Skin |
CBL |
None |
60 µg |
Continuous 12 days |
Yichao Wu, et al. Cell Host Microbe. 2009 |
Mice |
HSV-2 |
-Chol, -PS |
2 nmol |
Day 0 |