2. 采用Illumina进行Small RNA测序时read的长度为多少？

Small RNA的长度为18～30nt，采用Illumina测序平台进行测序，我们推荐的测序长度为35bp，在后期的生物信息分析中，可对序列信息进行修剪，去除接头序列以获得Small RNA序列。

3.有哪些miRNA数据库？

常用的miRNA数据库包括miRBase、PMRD等。miRBase（http://www.Mirbase.org/）收录了32个物种超过14000多条miRNA序列信息，是目前最为重要的miRNA数据库之一。该数据库不仅能够提供miRNA检索，还可以通过链接microCosm、TargetScan、Pictar等网站进行靶基因的预测。PMRD （http://bioinformatics.cau.edu.cn/PMRD/）是一个专门针对植物miRNA的数据库，由于动植物miRNA产生的过程和其作用原理存在一定的差异，所以对miRBase数据库而言，PMRD正好补充了其在植物miRNA方面的空缺。此外，还有一些针对特殊物种或特殊用途的miRNA数据库。如主要收录疾病相关miRNA的数据库miR2Disease（http://www.mir2disease.org/）等。

4. 有哪些miRNA预测软件？

http://www.majorbio.com/Public/imgupload/small/day_110819/201108191039001447_mark_small.jpgRNA深度测序常见问题" />

5. 有哪些miRNA靶基因预测软件？ 

miRNA靶基因预测软件分为第一代预测软件和第二代预测软件，两者的区别是所采用的算法不同，前者大多是从种子互补这一规则出发设计算法，其次才考虑miRNA靶基因跨物种间的保守性；而后者更倾向于采用机器学习方法训练参数进行靶基因预测。现在，多采用第二代target预测方法对miRNA靶基因进行预测。      

6. 如何对Small RNA进行注释？
注释保守和非保守的Small RNA的方法各不相同。
保守的Small RNA是通过与已知的非编码Small RNA数据库比对进行注释，如Non coding RNA database（http://biobases.ibch.poznan.pl /ncRNA/）。如果Small RNA拥有常用的专门数据库，还需将待注释的Small RNA与这些数据库比对，注释结果取两者的并集。

http://www.majorbio.com/Public/imgupload/small/day_110819/201108191045549108_mark_small.jpgRNA深度测序常见问题" />

剩下的非保守的Small RNA，可根据其序列和结构特征，用相应的软件进行预测，以注释Small RNA。如miRNA的预测过程包括：① miRNA的前体预测；② 成熟miRNA的预测；③ 成熟miRNA靶基因的预测；④ 实验验证。