位于崇明县堡镇五滧村登瀛（原五滧镇登瀛村）1199号。

云林寺始建于清顺治年间（1644—1661），至清同治年间（1862—1874）变成巍然大寺，名冠崇明全境。民国初期（1912）起，经了道大师重修，专弘净土一宗，是崇明境内的净土道场。当时共有寺房二十四间，建筑面积866平方米，占地2539平方米，设施很齐全：佛殿、僧寮、厨房、斋堂、藏经室、钟楼、鼓楼等，还建有关房、舍利塔（化身窑）等，寺院中矗立着的两棵参天银杏古树，更增添了古刹的气息。

了道法师（1890－1946），字心慧，生于清光绪十六年（1890）农历十一月初一，崇明县向化乡二堡村人，俗姓龚，名振家，祖辈务农，家贫好学。了道大师生性天资聪颖，读书过目不忘，童贞出家，名寺名僧为其披剃受戒，后遍访名寺大刹，遍阅佛家经典，深谙佛法精华，最终住谒皈依一代高僧印光大师。为振兴崇明佛教，又返归崇明故里，先后倾心创建广福寺、云林寺等，足迹遍及全岛，到处讲经说法，曾经使崇明全岛信众遍瀛洲，村村闻佛号，妇孺皆知心慧师（即了道），遍岛共赞佛菩萨。

了道法师在云林寺期间，遇有年荒岁歉之际，常行对民众施粥等善举，并举办佛教福利院，对无依无靠的老人进行安养。因此，云林寺的名声越来越大，成为崇明东部地区著名的佛教寺院。是时，每逢佛期圣诞，来寺敬香礼佛者总是数以千计，寺内经常开展讲经活动。民国三十五年（1946）三月二十五日，了道高僧预知时至，圆寂坐化于云林寺中，荼毗后得数十颗舍利存世，初于云林寺建塔供养，至1951年由其弟子智周等移灵至印光大师驻锡地、净土宗祖庭之一苏州灵岩山寺，奉安于灵岩山寺塔院。 

云林寺是崇明东部地区的著名古刹。传说清代乾隆皇帝之师崇明人沈文镐，字绍岐，雍正十年（1732）中进士，殿试一甲第三名探花及第，崇明人一般都称之为沈探花，回乡恰逢云林寺翻建，他回京后请乾隆皇帝御笔写了一个“福”字赐给了云林寺。据当地老人们说，当年都曾在云林寺见到过这个御笔所书的“福”字。

卍

1958年，因开四滧港兴修水利，云林寺被拆除一大半寺房，两棵三百多年的古银杏树也被挖走。“文革”期间，云林寺受到彻底破坏，寺址被改建为橡胶厂（后改作羊毛衫厂）。宗教政策得到落实以后，云林寺逐步开始恢复宗教活动。1996年，以居士宋学章、顾瑞祥、施顺芳、施顺利四位为主，建立了重建云林寺筹备小组，并由云林寺出资十四万元向乡政府买下了建于云林寺地基上已关门闲置的橡胶厂厂房四埭二十四间平房，建筑面积866平方米，又以十多万元修缮和改建房舍，将厂房改作临时大殿、三圣殿、祖师堂、延生堂、往生堂及生活用房，又从崇明广福讲寺请来一尊释迦牟尼佛像和韦驮菩萨像。1997年，从苏州请来释迦牟尼佛、药师佛、地藏菩萨像三尊，供奉于三圣殿。经再三努力，1998年4月，崇明县宗教办同意云林寺作为佛教活动点；2001年5月，获准临时登记为宗教活动场所。了道法师再传弟子玄道、玄能法师在先后入主云林寺后都曾作出过重振云林寺古刹风貌的艰辛努力，玄道法师2001年底回广福讲寺后，玄能法师接任云林寺工作，于2004年1月15日圆寂。

卍 云林寺五百罗汉砖雕廊

 综合楼两边朝南墙上分别镶有仿古砖雕“清明上河图”，由崇明施主陈雷全家出资捐助。综合楼全面竣工后，又在其两侧建起了五百罗汉长廊，廊内墙上分别镶立五百罗汉仿古砖雕，成为寺院的又一道景观。

综合楼前由信士出资助铸的6吨巨型梵钟，上刻“闻钟声，烦恼轻，智慧长，善提增，离地狱，出火坑，愿成佛，度众生”偈语。综合楼后，建有一长方形的放生池，并新建三幢寮房，可以同时容纳二百多人居住，床具盥卫一应俱全。寮房和综合楼顶层还设有天桥连接，生活起居、拜佛诵经十分方便。在寮房和综合楼间还建有花园，一年四季奇花异草，万紫千红。寺内建有往生堂三间，为学佛莲友提供往生西方极乐世界的条件，并有助念团为其提供助念。

云林寺计划将来在寺院的南边建起天王殿、大雄宝殿、观音殿、地藏殿、钟楼、鼓楼、牌坊、山门、放生池等建筑，力争使崇明云林寺成为上海一处宏大正信的念佛道场。